[发明专利]新表位的迭代发现及其适应性免疫疗法和方法

说明书

考虑的癌症治疗包括从治疗后或连续轮的免疫治疗和/或化疗之间患者的各种活检部位进行患者特异性、癌症特异性和位置特异性新表位的递归分析以通知进一步的免疫治疗。递归分析优选包括各种新表位属性至如此鉴定治疗相关新表位。

本申请要求于2015年10月12日提交的序列号为62/240482的美国临时申请的优先权，其通过引用并入本文。

技术领域

本发明的领域是肿瘤疾病的免疫治疗性治疗，特别是转移性癌症的免疫治疗性治疗。

背景技术

背景描述包括对理解本发明可能有用的信息。其并不是承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的发明相关，或者明确或暗示引用的任何出版物是现有技术。

本文中的所有出版物通过引用并入本文，就如同每个单独的出版物或专利申请被具体地和单独地指出通过引用并入。当并入的参考文献中的术语的定义或使用与本文提供的术语的定义不一致或相反时，本文提供的该术语的定义适用并且该参考文献中对该术语的定义不适用。

癌症治疗，特别是个性化的癌症治疗已经越来越成为许多患者的可行选择。然而，尽管治疗方法得到了改善，复发仍然没有得到成功管理，可能导致预期结果不尽如人意。除了其他原因，肿瘤异质性(参见例如WO 2015/164560)显著减少会导致治疗成功的合适抗原选择的机会。此外，如WO 2014/058987中所述，许多肿瘤随着时间克隆发展不同转移并因此可以不被免疫治疗所靶向。更进一步，用其他非免疫治疗药物治疗将在大多数情况下会与免疫治疗性药物治疗发生干扰。

因此，尽管本领域已知用于免疫治疗的各种癌症治疗选择，但仍然需要有助于改善癌症免疫治疗中治疗结果的系统和方法。

发明内容

发明人已经发现，通过来自多个部位并且优选不同时间点的新表位分析引导的癌症的递归治疗显著更可能抑制或甚至消除癌症的复发。在特别优选的方面，从患者的原发肿瘤、淋巴结和转移灶取得活检，并且对这些样品中的每一个进行组学分析以获得适用于用免疫学组合物(例如抗体、synbody、修饰的NK细胞、T细胞、重组病毒等)治疗的新表位的患者特异性、肿瘤特异性和位置特异性信息。然后使患者进行免疫治疗和任选(低剂量)化疗，并且后续进一步从相同和/或新部位取得活检以监测携带或展示这些表位的癌细胞的存在、或增加或降低以及鉴定这些部位的新的新表位。然后调整免疫和/或化疗治疗以进一步治疗患者。

在本发明主题的一个方面，发明人考虑了对诊断患有肿瘤的患者进行引导免疫治疗的方法。在特别优选的方法中，接收患者第一位置和第二位置的肿瘤细胞的组学数据，并且组学数据用于分别确定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的新表位。在另一步骤中，使用组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和/或途径属性中的至少一个(或至少两个、或至少三个、或至少四个)来鉴定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的治疗相关新表位。使用治疗相关的新表位产生免疫治疗组合物，然后将免疫治疗组合物施用于患者。

尽管在某些方面患者可以是从未经历治疗的患者，患者也可以先前接收用初始免疫治疗组合物的治疗，所述初始免疫治疗组合物可以与所产生的免疫治疗组合物不同也可以不与所产生的免疫治疗组合物不同。最典型地，第一位置将是原发肿瘤而第二位置可以是局部区域(locoregional)转移、远处转移、淋巴结或循环系统(例如，其中肿瘤细胞是循环肿瘤细胞)。

进一步通常优选的是，通过针对匹配的正常组学数据进行过滤和/或针对患者的HLA型过滤来确定相应的新表位。关于组属性，可以考虑这样的属性可以是独特新表位、共有新表位和/或克隆性状态，位置属性可以是原发肿瘤位置、转移位置和/或循环系统，以及功能属性可能是司机突变或乘客突变。代谢属性可以是药物耐受或增加的糖酵解，并且途径属性可以是生长信号传导途径中的突变、细胞凋亡信号传导途径中的突变、激素信号传导途径中的突变和/或信号传导途径使用中的漂移。