[发明专利]无细胞DNA提取法用于非侵入性产前筛选的方法

说明书

本文提供了从液体生物样品进行无细胞DNA提取的方法和系统。所述方法可用于胎儿DNA分数的确定和胎儿非整倍性的非侵入性产前筛选和其他类型的无细胞DNA的分析。

背景技术

常染色体三体性在500例成活的分娩中约发生1例。这些三体性的大多数发生在染色体13、18和21处。性染色体非整倍性在500例成活的分娩中约发生1例。目前的母体血清筛选标记仅检测85-95％的染色体异常，并且具有高达5或6％的假阳性比率。羊膜腔穿刺术和CVS是确定染色体异常的高度准确的方法，但是它们携带流产的程序相关的风险。该风险经常胜过该程序的好处，并且不适合作为常规筛选工具。非侵入性产前测试的目的是在没有与胎儿基因测试的传统方法相关的风险的情况下，提供准确检测胎儿的基因缺陷的筛选工具。

母体血浆中的胎儿核酸的检测和定量是用于产前基因诊断的非侵入性备选方法。有效诊断取决于分离的DNA的数量和质量，其影响测定的敏感度和再现性。

发明内容

本文提供了改善来自液体生物样品的无细胞DNA(cfDNA)分离的数量、质量和一致性的方法。在特定的实施方案中，液体生物样品从妊娠哺乳动物(例如人类患者)获得，用于胎儿非整倍性的非侵入性产前诊断。

在一些实施方案中，提供的方法可用于癌症的诊断。在一些实施方案中，液体生物样品从诊断为具有癌症或怀疑具有癌症的患者获得，用于分离和检测循环肿瘤DNA。在一些实施方案中，测试可应用于一般群体作为筛选测试以预测具有癌症的风险。

在某些实施方案中，本文提供的是用于改善从来自哺乳动物的液体生物样品分离的无细胞DNA(cfDNA)的产率的方法，其包括使用可逆地结合cfDNA的磁性珠粒从样品分离cfDNA，和用于操作磁性珠粒的至少两种类型的磁性分离步骤。例如，在一些实施方案中，cfDNA与磁性珠粒结合，并且cfDNA结合的磁性珠粒从样品管顺序转移到一个或多个容器，例如含有洗涤溶液的容器或含有洗脱溶液的容器。通过使含有洗脱的cfDNA和磁性珠粒的洗脱溶液的容器的外表面与磁性平板接触并收集含有洗脱的cfDNA的洗脱溶液将洗脱的cfDNA从磁性珠粒分离。在一些实施方案中，磁性平板包含环状磁铁，其引起磁性珠粒附着于容器壁，从而可收集含有洗脱的cfDNA的洗脱溶液。

在某些实施方案中，本文提供的是用于从来自哺乳动物的液体生物样品分离无细胞DNA的方法，其包括以下步骤：

a)使含有cfDNA的液体生物样品与多个可逆地结合DNA的磁性珠粒接触；

b)将cfDNA结合的磁性珠粒从所述液体生物样品的未结合组分分离；

c)将所述cfDNA结合的磁性珠粒转移到含有洗脱溶液的容器；

d)通过使含有在所述洗脱溶液中的所述cfDNA和所述磁性珠粒的容器与磁性平板接触和收集含有所述cfDNA的洗脱溶液将所述磁性珠粒从所述洗脱溶液分离。

在一些实施方案中，通过将所述cfDNA结合的磁性珠粒从所述液体生物样品转移到另一个容器而将所述cfDNA结合的磁性珠粒从所述液体生物样品的未结合组分分离。在一些实施方案中，所述cfDNA结合的磁性珠粒从所述液体生物样品直接转移到含有所述洗脱溶液的容器。在一些实施方案中，将从所述液体生物样品转移的所述cfDNA结合的磁性珠粒转移到含有洗涤溶液的容器。

在一些实施方案中，在步骤(b)之后和步骤(c)之前，将cfDNA结合的磁性珠粒转移到洗涤溶液。在一些实施方案中，将cfDNA结合的磁性珠粒磁性转移到洗涤溶液。在一些实施方案中，将cfDNA结合的磁性珠粒顺序转移到两个或更多洗涤溶液。在一些实施方案中，将cfDNA结合的磁性珠粒顺序磁性地转移到两个或更多洗涤溶液。在一些实施方案中，两个或更多洗涤溶液为相同的。在一些实施方案中，两个或更多洗涤溶液包含两个或更多不同的洗涤溶液。