[发明专利]一种桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法及其应用

权利要求书

1.一种桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

S1.收集桑树病叶或感病部位的器官；

S2.提取桑树病叶或感病部位的器官的总DNA；

S3. Illumina DNA文库构建；

S4. Illumina高通量测序；

S5.去除测序数据中桑树基因组序列；

S6.组装微生物基因组序列；

S7.组装完整核糖体DNA序列；

S8.筛选标记微生物核糖体DNA序列；

S9.对比分析核糖体DNA序列进行种属分类；

步骤S3所述Illumina DNA文库构建的方法为：依照Illumina文库构建流程，将所述步骤S2中所述总DNA构建为片段大小400～600bp的双末端高通量测序文库；

其中，步骤S5所述去除测序数据中桑树基因组序列的方法为：

利用比对软件对步骤S4中所述高通量测序的数据进行数据比对分析；选择比对算法，将测序数据与桑树参考基因组进行比对，并将比对上参考基因组的所述测序数据判定为桑树基因组序列；使用编写的计算机程序从所述测序数据中去除桑树基因组序列；

S5所述去除桑树的基因组DNA序列选用的参考基因组序列为：

桑属川桑Morusnotabilis全基因组序列GCA_000414095.2和叶绿体基因组序列NC_027110.1；

所述比对软件为bwa0.7.12-r1039软件；

所述比对算法为mem比对算法；

所述将测序数据与桑树参考基因组进行比对采用双末端比对方法和bwa0.7.12-r1039软件的默认参数；

所述编写的计算机程序用python计算机语言编写。

2.根据权利要求1所述桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S6所述组装微生物基因组序列的方法为：使用组装软件对步骤S5所述已去除桑树基因组序列的测序数据进行组装；

所述组装软件为MetaVelvetv1.2.01。

3.根据权利要求1所述桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S7所述组装完整核糖体DNA序列的方法为：采用比对软件，对所述组装序列进行比对，根据比对结果从测序数据中获取双末端测序片段，使用组装软件对序列进行组装和延伸，经多个循环操作，直至获得完整的核糖体DNA序列；

所述比对软件为bwa0.7.12-r1039软件；

所述比对方法采用无错配0 mismatch和无断裂0 gap比对；

所述组装软件为MetaVelvetv1.2.01软件。

4.根据权利要求1所述桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S8所述筛选标记微生物核糖体DNA序列的方法为：使用序列比对分析软件，设定比对期望值，将步骤S6所述微生物基因组序列与数据库进行比对，根据比对结果对序列标签进行注释及物种分析；

所述比对期望值1e-20；

所述序列比对分析软件为blastn2.2.31+软件；

所述数据库NCBI数据库中的nt数据库。

5.根据权利要求1所述桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法，其特征在于，步骤S9所述对比分析核糖体DNA序列进行种属分类的方法为：使用软件1对所述微生物核糖体DNA序列进行统计分析，选取系统树构建模型，将所述模型代入软件2中，构建系统进化树；

所述软件1为jModelTest2在线软件；

所述系统树构建模型为AIC值最小的替代模型GTR+G；

所述软件2为RaxML8.1.5；

所述构建系统进化树的方法使用最大似然法构建的系统进化树，进化树迭代次数为1000次。

6.权利要求1～5任一项所述桑树病原菌高通量鉴定及种属分类方法在桑树病原菌定量分析方面的应用。

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，应用于检测桑叶黑斑病和/或桑叶白粉病。