[发明专利]一种稻瘟病抗性基因Piz‑t功能特异性分子标记及其检测方法和应用

说明书

技术领域

本发明属于农业生物技术领域，特别涉及一种稻瘟病抗性基因Piz-t功能性分子标记Piz-t-InDel及其检测方法与应用。

背景技术

稻瘟病是危害水稻高产稳产最为严重的病害之一。当前生产中常用的化学防治虽在一定程度上可解决或减轻病害对水稻生产的影响，但农田长期用药不仅对环境有污染作用，而且农药残留物还会影响到稻米的食用品质。长期的生产实践表明，选育与利用抗病品种是防治稻瘟病最为安全有效的方法之一。然而由于稻瘟病菌生理小种致病性有频繁变异的特性，这会导致抗性单一的品种会在种植后3-5年时间里逐渐丧失抗性(殷得所等，2011)；因此，挖掘和应用抗性基因是获得持久、广谱抗病品种的重要途径。早期的抗性基因鉴定方法主要是接种鉴定，但常规的接种鉴定方法不能准确地反映出抗病基因型，难以满足抗病分子育种的要求。随着水稻抗病分子遗传学的发展，很多抗性基因被精细定位或克隆(Su et al.2015)；随着分子标记的发展及应用，其逐渐适用于抗性基因遗传背景的鉴定以及多抗病基因聚合育种的发展(Hittalmani et al.2000；Jena and Mackill,2008)。

但在已克隆的抗性基因中，一些重要的抗病基因位于同一位点,如Pik和Pi2/Pi9位点上的复等位基因之间、功能型序列与非功能型之间序列高度同源，一般的连锁标记仍然难以准确甄别各种材料的功能抗病基因(Qu et al.2006；Zhou et al.2006；Ashikawa et al.2008；Takahashi et al.2010；Yuan et al.2011；Zhai et al.2011；Yuan et al.2011；Hua et al.2012；Ma et al.2015；Tian et al.2016)。因此，直接分析功能等位基因本身的序列并开发其功能特异性的分子标记来对目标基因进行选择，不仅选择可靠性高，还会大大加快了育种步伐。

到目前为止，至少有六个稻瘟病抗性基因(Piz-t、Pi2、Pi9、Piz、Pigm、Pi50)已经被定位在水稻第6染色体短臂端的Pi2/Pi9基因簇内(Jiang etal.2012)，其中Piz-t、Pi2、Pi9和Pi50等已经被成功克隆(Qu et al.2006,Zhou et al.2006)。研究表明，该位点的功能基因多具有广谱高抗的特性，其中Piz-t与水稻叶瘟抗性相关，对国内外多个稻瘟病小种表现出较强的叶瘟抗性。华丽霞等(2015)开发出了Piz-t的显性标记，该标记在抗性育种工作中容易发生错选或漏选的情况。为了能更准确有效地将稻瘟病广谱抗性基因Piz-t应用到水稻抗性育种工作中，有必要开发出该基因的特异性功能标记。鉴于前期我们已开发出Pi2和Pi9功能标记(杨立明等,2014；2015),本研究将着重于分型Piz-t与Pi2/Pi9位点其它功能基因及等位非功能基因的特异性标记。

发明内容

解决的技术问题：为了克服现有技术的不足与缺点，本发明的首要目的在于提供一种稻瘟病抗性基因Piz-t基因功能特异性分子标记Piz-t-InDel。

本发明的另一发明目的在于提供所述的稻瘟病抗性基因Piz-t基因特异性分子标记Piz-t-InDel的检测方法。

本发明的再一发明目的在于提供所述的稻瘟病抗性基因Piz-t基因功能特异性分子标记Piz-t-InDel的应用。

技术方案：一种稻瘟病抗性基因Piz-t功能特异性分子标记，所述分子标记是通过引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻基因组DNA中扩增出与稻瘟病抗性基因Piz-t呈特异性带型的分子标记，所述引物对序列为：

SEQ ID NO.1Fl：5’-TTACTAGAATCGCTCCAT-3’；

SEQ ID NO.2Rl：5’-ACTGCGTGCGACTTGA-3’。

所述与稻瘟病抗性基因Piz-t呈特异性带型的分子标记的序列如SEQ ID NO.3所示。