[发明专利]用于检测黄瓜果实表皮细胞结构的SNP标记方法

说明书

本发明“用于检测黄瓜果实表皮细胞结构的SNP标记方法”，涉及生物技术辅助育种领域。用于检测黄瓜果实表皮细胞结构的SNP标记方法，其中所述标记引物的核苷酸序列为：dcaps—RsaI—F:GGGAACAATATTATTTTTGGAGTA/dcaps—RsaI—R:TGATTCCTATTACCTTCAACCTCA；以黄瓜基因组DNA为模板，以上述引物为前后引物进行PCR扩增，获得一个158bp的片段，该片段第26个碱基为SNP20114537A/C。片段如Seq ID No.1所示，则果实为栅栏状表皮细胞；片段如Seq ID No.2所示，则果实为扁平状表皮细胞；采用本发明获得的SNP标记，可以在黄瓜候选材料的任何阶段判断其果实表皮细胞结构为栅栏状还是扁平状，该标记具有高效、限制少的优点，提高了选育果实具有栅栏状表皮细胞的加工型黄瓜材料和具有扁平状表皮细胞的鲜食型黄瓜材料的效率，缩短了育种周期。

技术领域

本发明涉及生物技术辅助育种技术领域，特别涉及一种用于检测黄瓜果实表皮细胞结构的的SNP标记及其在黄瓜育种材料选择中的应用。

背景技术

黄瓜(Cucumis sativus L.)是世界十大蔬菜之一，因其风味清香、口感脆爽，深受各国消费者的喜爱。随着消费水平的提高，人们对黄瓜品质的重视程度与日俱增。品质育种已成为黄瓜育种的重点之一。黄瓜果实品质包括鲜食品质和加工品质。鲜食品质要求黄瓜果实表皮薄、肉质脆，清香味浓、口感好；加工品质要求表皮致密、肉质较厚、干物质含量高。因此，研究黄瓜果实表皮细胞结构的分子标记，对于选育符合鲜食和加工的黄瓜新品种具有重要意义。

黄瓜果实表皮细胞指黄瓜果实最外层的一层细胞，表皮细胞能减少果实水分散失，保护果实免受物理伤害，位于表皮上的气孔能调节果实与外界气体的交换。不同结构形状的表皮细胞对于果实所起的作用存在差异，栅栏状的表皮细胞结构能更好的保护果实免受物理伤害，减少水分散失，同时使果实皮质紧密，能够提升加工品质；扁平状的表皮细胞结构在保护果实免受物理伤害、减少水分散失以及使皮质紧密方面的效果相对较差。

目前，在黄瓜上与果实相关的性状(比如，瓜长、把长、刺瘤、棱、纹等)研究较多，而对于黄瓜果实表皮细胞结构的研究极少，仅见一篇报道。1987年，国外学者Fanourakis以具有栅栏状表皮细胞结构的加工型黄瓜和具有扁平状表皮细胞结构的鲜食性黄瓜为材料，进行了果实栅栏状表皮细胞基因Pe的遗传分析，结果表明，杂交后代F₁的果实表皮细胞呈栅栏状排列，F₂群体出现了栅栏状结构和扁平状结构的分离，分离比符合栅栏状：扁平状＝3:1。结论认为，黄瓜果实栅栏状表皮细胞结构是由一个单基因(Pe)控制的，其中栅栏状对扁平状为显性，且该基因与果色一致基因u、果瘤基因Tu、无光泽基因D有连锁关系。截止目前，尚未见与Pe基因连锁的SNP分子标记的报道。

发明内容

基于上述现有技术的不足，本发明的目的在于提供了一种与黄瓜果实栅栏状表皮细胞基因Pe紧密连锁的SNP标记，并提供了该标记在筛选果实具有栅栏状结构表皮细胞的加工黄瓜种质资源上的应用。

一种用于检测黄瓜果实表皮细胞结构的SNP标记的引物，其特征在于：其核苷酸序列如下：

dcaps—RsaI—F:GGGAACAATATTATTTTTGGAGTA

dcaps—RsaI—R:TGATTCCTATTACCTTCAACCTCA

所述引物扩增的与黄瓜果实栅栏状表皮细胞基因Pe连锁的特征条带核苷酸序列如Seq ID No.1所示，序列的26位碱基为A，经RsaI酶切后得到158bp片段；

所述引物扩增的与黄瓜果实扁平状表皮细胞基因pe连锁的特征条带核苷酸序列如Seq ID No.2所示，序列的26位碱基为C，经RsaI酶切后得到134bp片段。

一种筛选具有果实栅栏状表皮细胞基因Pe的黄瓜种质资源的方法，其特征在于，包括如下步骤：