[发明专利]用于构建测序文库的接头核酸分子有效
申请号: | 201710158081.1 | 申请日: | 2017-03-16 |
公开(公告)号: | CN108624666B | 公开(公告)日: | 2021-12-24 |
发明(设计)人: | 张东 | 申请(专利权)人: | 深圳华大基因股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6869 | 分类号: | C12Q1/6869;C12N15/11;C12N15/10;C40B50/06 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 赵天月 |
地址: | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 构建 序文 接头 核酸 分子 | ||
1.一种用于构建测序文库的接头核酸分子,其特征在于,包括:
第一核酸链,所述第一核酸链包含PCR反应断点,所述PCR反应断点包括选自下列的至少之一:
(1)核酸消化酶特异性识别位点;以及
(2)DNA聚合酶不识别位点;
所述接头核酸分子进一步包含:
第二核酸链,所述第一核酸链与所述第二核酸链的至少一部分形成双链区,并且所述双链区的一端构成所述接头核酸分子的连接反应末端;
所述的第二核酸链进一步包含位于5’端的PCR反应断点,第二核酸链包含的PCR反应断点包括选自下列的至少之一:
(1)核酸消化酶特异性识别位点;以及
(2)DNA聚合酶不识别位点;
所述第一核酸链包含的核酸消化酶特异性识别位点位于PCR引物互补区域毗邻的第一核酸链的3’区域;
所述第一核酸链包含的DNA聚合酶不识别位点位于PCR引物互补区域或者PCR引物互补区域毗邻的第一核酸链的3’区域;
所述的核酸消化酶选自UNG酶或USER酶;
所述PCR反应断点为UU。
2.根据权利要求1所述的核酸分子,其特征在于,所述核酸消化酶为USER酶。
3.根据权利要求1所述的核酸分子,其特征在于,DNA聚合酶为Pfu DNA 聚合酶或deepventDNA 聚合酶。
4.根据权利要求1所述的核酸分子,其特征在于,所述第一核酸链为SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列;
所述第二核酸链为SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。
5.一种构建测序文库的方法,其特征在于,包括:
将待测序的DNA片段与接头连接,以便获得连接产物,所述接头为权利要求1~4中任一项所述的核酸分子;以及
对所述连接产物进行扩增处理,以便获得扩增产物,
其中,所述扩增处理中,基于所述PCR反应断点,去除接头自连或互连产物。
6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述PCR反应断点包括核酸消化酶特异性识别位点,所述扩增处理进一步包括:
(1)利用所述核酸消化酶对所述连接产物进行消化处理,以便获得消化产物;
(2)从所述消化产物中去除长度不大于预定阈值的核酸片段;以及
(3)利用DNA聚合酶对经过步骤(2)处理的所述消化产物进行PCR扩增反应,以便获得所述扩增产物,
所述核酸消化酶为USER酶和/或UNG酶,
所述从所述消化产物中去除长度不大于预定阈值的核酸片段是利用XP磁珠纯化实现的。
7.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述PCR反应断点包括DNA聚合酶不识别位点,所述PCR反应进一步包括:
(a)利用DNA聚合酶对所述连接产物进行PCR扩增反应,以便获得PCR扩增粗产物;
(b)从所述PCR扩增粗产物中去除长度不大于预定阈值的片段,以便获得所述扩增产物,
所述从所述PCR扩增粗产物中去除长度不大于预定阈值的片段是利用XP磁珠纯化实现的。
8.根据权利要求5所述的方法,其特征在于,所述待测序的DNA片段是通过如下方式获得的:
1)将待测样品的RNA进行分离、纯化和打断处理;
2)对经过步骤1)处理的RNA进行反转录,以便获得cDNA,所述cDNA为所述待测序的DNA片段,
所述反转录是通过如下方式进行的:
(A)以经过步骤1)处理的RNA为模板,反转录合成DNA第一链,以便获得RNA/DNA杂交链;
(B)利用RNaseH对RNA/DNA杂交链中的RNA链进行消化处理;
(C)以步骤(B)消化处理后的残余RNA链为引物,以所述DNA第一链为模板,反转录合成DNA第二链;
(D)利用RNaseH对步骤(C)产物进行消化处理;以及
(E)将步骤(D)处理产物进行末端补齐处理,以便获得所述cDNA。
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