[发明专利]辅助选择含有隐性单基因hd桃品种的分子标记及其选育方法和应用

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及桃遗传育种技术领域，具体涉及一种辅助选择含有隐性单基因hd桃品种的分子标记及其选育方法和应用。

技术背景

桃是深受人们喜爱的大宗果品，依据果肉的质地差异，可分为溶质、不溶质和硬质(SH，stony hard)三种类型，目前国内主栽桃品种多为溶质桃，成熟后果肉迅速软化，不仅大大缩短了果实的贮藏时间，而且果实软化后极易受到病原微生物的侵染，每年由于衰老和腐烂造成大量的损失，是制约桃产业发展的关键问题。而硬质桃果实在完全转色、且积累高浓度糖等的条件下，无论是留树还是采收，均不会变软。因此，研究硬质桃的肉质性状形成的分子机理，探究决定或调控肉质性状形成的关键基因，有助于创造耐贮运桃优异新品种，对于提高果实综合品质、增强市场竞争力具有重要的意义。

遗传上的证据表明硬质性状受隐性单基因(hd)控制，最近研究发现位于第六条染色体的PpYUC11(Ppa008176)可能控制桃果实的硬质性状。分析两种肉质类型PpYUC11基因及启动子区域的DNA序列发现，启动子区域是否有转座子插入可以作为区分硬质和非硬质类型桃的候选区域。

分子标记辅助选择(MAS，marker-assisted selection)是随着现代分子生物学技术的迅速发展而产生的新技术，它可以从分子水平上快速准确地分析个体的遗传组成，从而实现对基因型的直接选择，进行分子育种。

目前，在桃SH肉质品种的选育过程中主要采用系谱法，传统的系谱法通过两组亲本组配，从分离后代中择优选育品种，SH肉质表现型依赖于桃果实留树时间或果实硬度鉴定，鉴别难度大，准确率很低。而桃属于多年生果树，生长周期长，由于不了解亲本的SH基因型，在亲本选择上非常盲目，通常是海量组配，海量选择后代，导致成本高，工作量大，费时且育种效率低。利用分子标记结合乙烯测定进行选择，则可以大大提高SH肉质品种选育的效率和准确性。

发明内容

为解决上述问题，本发明提供了一种分子标记辅助选择含有隐性单基因hd桃品种的分子标记、选育方法及其应用。该方法可以高效选择桃SH肉质新品种，有针对性、特异性的选择含有hd基因的后代材料。利用DNA分子标记CACTA-INS-F和CACTA-INS-R以及WILD-F和WILD-R对控制桃果实SH肉质的主效基因PpYUC11进行分子标记辅助选择，并结合资源圃的自然群体和育种圃的杂交后代群体的性状选择、乙烯测定，以提高选育桃果实SH肉质新品种的效率。

本发明是通过以下技术方案实现的

一种辅助选择含有隐性单基因hd桃品种的分子标记，

所述的分子标记包含有变异特征引物序列：

正向引物CACTA-INS-F引物序列为5’-CTTTGACTAGGATAACAC-3’，

反向引物CACTA-INS-R引物序列为5’-AATGGCATGGACAACGA-3’；

及无变异特征引物序列

正向引物WILD-F引物序列为5’-ACATCAAACGGCAATCAATA-3’，

反向引物WILD-R引物序列为5’-TTAGCCACGAAGGTTACTCA-3’。

所述的辅助选择含有隐性单基因hd桃品种的分子标记，所述的分子标记的主效位点为PpYUC11，该基因位于第6条染色体、且距离预测的第6条染色体上着丝粒的位置小于800k。

采用上述辅助选择含有隐性单基因hd桃品种的分子标记选育SH肉质桃品种的方法，该方法包括以下步骤：

(1)选取自然群体或育种圃单株为材料，分别提取其DNA，然后以引物对WILD-F、WILD-R以及CACTA-INS-F、CACTA-INS-R所示的引物序列为引物分别进行PCR扩增，再分别对扩增产物进行电泳分离分析；并结合乙烯测定进一步确定含有隐性基因hd的品种，备用；

(2)将步骤(1)得到的基因型为hdhd的SH肉质桃品种与基因型为Hdhd的非SH肉质品种进行杂交，得到后代F₁；

(3)提取步骤(2)得到的后代F₁单株的DNA，以引物对WILD-F、WILD-R以及CACTA-INS-F、CACTA-INS-R所示的引物序列为引物分别进行PCR扩增，扩增后分别测序，将两对引物的PCR扩增产物分别进行琼脂糖凝胶电泳，凝胶经染色后在凝胶扫描仪中检测扩增条带，根据两次电泳得到的带型来确定样本的基因型；并结合乙烯测定，选择基因型为hdhd的SH肉质桃品种单株，即得到所述的SH肉质桃品种。