[发明专利]基于KCNE3和NAT2基因的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物、试剂盒及应用

说明书

本发明涉及与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物，所述的SNP标志物是包括KCNE3基因SNP位点和NAT2基因SNP位点的组合，所述的KCNE3基因SNP位点是rs12272502，所述NAT2基因SNP位点是rs4921914、rs10103029和rs7816847中一个或多个。本发明还提供了一种评估抗结核药物肝毒性反应风险试剂盒，用于检测与抗结核药物肝毒性反应相关的上述SNP标志物。本发明提供的与抗结核药物肝毒性反应相关的SNP标志物及其应用，可以准确地分子遗传标记抗结核药物引起的药物肝毒性反应，从而进行分子标记辅助选择和用药预测，实现个体化用药，减少药物不良反应。本发明的研究过程中，对大样本进行研究，样本量具有足够的代表性，确保了研究结果的准确性。

技术领域

本发明涉及单核苷酸多态性(SNP)标志物、试剂盒及应用，特别是涉及与抗结核药物引起的药物肝毒性反应相关的尚未公开的SNP标志物及其组合、试剂盒以及它们的应用，属于生物基因工程领域。

背景技术

结核病可谓是传染病中的一个最大灾难——全世界每年会有上百万人因该病致死，是当前导致发展中国家居民(尤其是儿童)死亡的主要疾病之一。药物化疗是当前治疗结核病的主要手段，常用的药物为异烟肼(isoniazid，INH)、利福平(rifampicin，RFP)、吡嗪酰胺(pyrazinamide，PZA)和乙胺丁醇(ethambutol，EMB)。虽然药物化疗对于结核病的临床治疗效果较好，但是在治疗过程中出现的药物不良反应(adverse drug reactions，ADR)，影响了抗结核治疗效果和患者健康。其中，抗结核药物肝毒性反应(anti-tuberculosis drug induced hepatotoxicity，ATDH)是最严重的常见抗结核ADR。既往研究认为年龄、体重、性别、合并用药、营养状况等因素会影响ATDH的发病。随着遗传领域中药物基因组学的发展，单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)在揭示个体不同的表型性状、以及对于环境暴露、药物治疗等因素的不同反应的研究中受到人们的重视，有关SNP与ATDH个体差异的关系的研究越来越深入，且多聚焦于N-乙酰转移酶2基因(N-acetyltrangerase 2，NAT2)。

NAT2是治疗结核病的常用药物异烟肼(isoniazid，INH)代谢过程中的主要代谢酶。遗传学研究显示，NAT2的乙酰化代谢型(快、中、慢乙酰化代谢型)主要由其编码区功能多态性位点及其单体型(快、中、慢乙酰化代谢型)决定。功能学实验证明，部分编码区SNP突变等位基因相对其野生型等位基因所产生的氨基酸改变，减低了NAT2的表达量和/或其乙酰化酶活性。

目前已经公开的相关研究有：

“N-乙酰基转移酶2及谷胱甘肽S转移酶M1基因多态性与抗结核药物性肝损伤的关系研究”，安慧茹等，《中国防痨杂志》，2014年1月，第36卷第1期，第14－20页)公开了NAT2的rs1805158、rs1801280、rs72554617、rs1799930、rs1799931多态性位点与抗结核药致肝损伤相关，统计的患者为接受异烟肼+利福平+乙胺丁醇+吡嗪酰胺联合治疗后造成肝损伤的患者，所使用的方法为对每个SNP位点与肝损伤的相关性进行单独分析，没有公开将某些SNP组成一组时与药物肝损伤的关联是否更高；

WO 2015109608A1公开了NAT2的rs1041983、rs1495741SNP及其组合与抗结核药异烟肼、利福平、吡嗪酰胺中任一种或其组合造成的肝损伤相关，并公开了一些包含NAT2rs1041983或rs1495741以及XO基因rs2295475或rs1884752SNP的组合与药物肝损伤的相关性；

CN 106119363A公开了N-乙酰转移酶2基因(N-acetyltrangerase 2，NAT2)的7个SNP位点(rs1801279、rs1041983、rs1801280、rs1799929、rs1799930、rs1208和rs1799931)的组合可以用于抗结核药物肝损伤易感基因型检测。

发明内容