[发明专利]基于癌症基因组和非特异性基因标签的药物重定位方法

权利要求书

1.一种基于多种癌症类型转录组数据整合分析、来构建无组织来源背景的单个人类编码基因突变的表达谱核心标签的方法，其特征在于，该方法包括：

(1)以癌症转录组数据库为基础，在多种癌症类型中分别获取基因Gx的各种基因突变类型的表达谱标签；在每一癌症类型中的该基因Gx的各种突变类型，定义为该基因的不同表达谱核心标签；获得该基因的所有突变类型的表达谱核心标签合集；

(2)对于(1)定义的表达谱核心标签合集，消除组织来源背景；所述的消除组织来源背景是：若基因Gx的一种突变类型只发生在两个组织内，该基因的该突变类型在这两组织内的差异表达基因的重叠部分，作为该基因的该突变类型的核心表达谱核心标签；如果基因Gx的一种突变类型发生在N个组织类型中且N2，那么，出现在多于N/2个组织类型的差异表达基因集合作为核心表达谱核心标签；

(3)对于(2)的消除组织来源背景后的表达谱核心标签合集，移除癌症的背景效应，包括：将在超过50％癌症类型中一致差异表达的基因作为癌症背景基因，并从表达谱核心标签中移除癌症背景基因，以消除癌症背景的影响；

(4)排除非单基因突变的核心标签，使得每个表达谱核心标签代表单个基因的突变，以获得该基因的基因突变的表达谱核心标签；

(5)依次变换基因Gx，重复步骤(1)～(4)，提取n种基因的基因突变的表达谱核心标签。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所整合分析的癌症是两种或两种以上的癌症，非单一一种癌症。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)中，将携带基因突变的癌症病人样本与同组织类型的正常样本进行比较，并且将不同突变类型的情况分别分析，从而获取各种基因突变类型的表达谱核心标签。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)中，所述的癌症转录组数据库包括：The Cancer Genome Atlas数据库。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的基因包括信号通路基因，覆盖人类所有编码基因。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述的基因是关键信号通路基因。

7.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述的基因是负责编码受体、酶、离子通道、信号级联因子以及转录因子的关键信号通路基因。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(5)中，使该方法应用于将近30,000个人类编码基因来依次获取它们的表达谱核心标签；依次变换基因Gx，重复步骤(1)～(4)，提取n种基因的基因突变的表达谱核心标签。

9.一种药物重定位的方法，其特征在于，所述方法包括：

(a)以权利要求1～7任一所述的方法获得基因突变的表达谱核心标签；

(b)以药物处理样本表达谱数据库为基础，获取药物处理表达谱标签；

(c)将(a)的基因突变的表达谱核心标签与(b)的药物处理表达谱标签进行比较、分析，从而进行药物的重定位。

10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤(b)中，所述的药物处理样本表达谱数据库包括：Connectivity Map，NCI-60Human Tumor Cell Lines Screen，Genomics ofDrug Sensitivity in Cancer。