[发明专利]前列腺癌诊断用基因组及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及前列腺癌诊断用基因组及其应用，特别是涉及AR、HOXC6和NKX2-2基因及其在制备或筛选诊断的药物或试剂盒、或筛选治疗前列腺癌的药物中的应用。

背景技术

恶性肿瘤是威胁人类健康的最危险因素之一，我国每年仅肿瘤死亡人数近200万人，恶性肿瘤造成的经济损失高达1400多亿元人民币。在我国，前列腺癌位于男性恶性肿瘤发病率第六位，在男性泌尿系肿瘤中排名第一位；而在美国前列腺癌发病率位居男性恶性肿瘤的第一位，死亡率仅次于肺癌位于第二位。虽然前列腺癌有比较好的预后，但对于男性来说仍然是造成死亡的重要癌症。随着男性防癌意识的增强和前列腺癌筛查方法的广泛应用，早期发现的前列腺癌中，只有约5%初步诊断为无法治愈。然而30%-40%的前列腺癌患者最终会死于前列腺癌复发。

预后是指发病后，疾病未来过程的一种预先估计。在医学上，“预后”是指根据经验预测的疾病发展情况。预后主要涉及到三个方面，将发生什么结果、发生不良结果的可能性有多大、什么时候发生。预后分析是对疾病发病后发展为各种不同结局的预测；是临床非常实用、对临床很有指导作用的临床研究。研究和评级预后的目的，为了便于了解各种疾病对人类危害性的大小、探索影响预后的因素、研究改善预后的具体措施。

肿瘤标识物是可以在血清、血浆、其他体液、组织提取物或石蜡固定的组织中检测到的自然生产的分子。肿瘤标识物可以为前列腺癌的诊断，选择治疗方案、预测疾病进程和复发以及治疗效果进行监测等提供有价值的信息。前列腺癌作为男性高发性恶性肿瘤，极为缺乏高效的肿瘤标记物。HPC1是最早被发现的高共显前列腺癌易感基因，但估计在全部前列腺癌中仅占不到5%，其他已知的前列腺癌易感基因如MSR1、HPC2等也仅能说明约1%左右的前列腺癌。目前我国在临床上应用的前列腺癌标志物有PSA、PSCA、PSMA等，在同一亚型中，不同病人的预后、存活时间、复发等都存在着显著差异。这些数据表明，如何对前列腺癌进行准确的分型、尽早判断肿瘤是否会复发、转移，进而选择合理的治疗手段，提高前列腺癌患者的生存率和生活质量是前列腺癌治疗的重要发展方向。

发明内容

本发明的目的之一在于提供前列腺癌诊断用基因组AR、HOXC6和NKX2-2。

本发明的目的之二在于提供该基因组的筛选方法。

本发明的目的之三在于提供上述基因在制备筛选和诊断前列腺癌药物中的应用。

本发明的目的之四在于提供上述基因制备筛选和诊断前列腺癌试剂盒中的应用。

本发明发现AR、HOXC6和NKX2-2高表达与高风险前列腺癌的联系，通过检测前列腺癌样株中AR、HOXC6和NKX2-2的表达水平，识别出AR、HOXC6和NKX2-2高表达的前列腺癌的样株，并可进一步预测出该类前列腺癌可能具有较高的恶性程度，并表现出较差的预后。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

一种前列腺癌诊断用基因组，其特征在于该基因组为AR、HOXC6和NKX2-2基因。

一种前列腺癌的检测方法，采用上述的前列腺癌诊断用基因，其特征在于该方法的具体步骤为：

a.选取前列腺癌样本株组成3套数据；

b.采用SIMBA算法寻找步骤a所得前列腺癌样本株中的互斥转录因子；

c.采用费舍尔精确检验推测转录因子和其配对基因的调节关系；

d.利用最小描述方法，即两个基因相关性最小情况，推测转录因子和相关的miRNAs的调节网络；

e. 通过qRT-PCR检测AR、HOXC6、NKX2-2的过表达。

上述的步骤b的具体步骤为：在R中调取SIMBA程序包，对前列腺癌基因表达数据进行计算获得互斥转录因子。

上述的步骤c的具体步骤为：在R中调用SIMBA程序包中的函数init_network对上述找到的互斥转录因子搜寻靶标并建立初步网络。

上述的步骤d的具体步骤为：在R中调用SIMBA程序包中的函数filt_network 对上一步构建的网络进行优化，获得最优化的mRNA-miRNA网络。

上述的步骤e的具体步骤为：提取前列腺癌细胞株TotalRNA, 按照试剂盒方法反转录后做qRT-PCR实验检测AR、HOXC6、NKX2-2的表达。

一种上述的前列腺癌诊断用基因组在制备筛选和诊断前列腺癌药物中的应用。

一种上述的前列腺癌诊断用基因组在制备筛选和诊断前列腺癌试剂盒中的应用。

本发明的前列腺癌诊断用基因组通过下述方法来筛选：