[发明专利]一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记、扩增引物及其应用

说明书

本发明公开了一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记、扩增引物及其应用。本发明以从NCBI中获得的凡纳滨对虾Na,K‑ATPaseα亚基的mRNA序列(GenBank：KF765670.1)为基础设计引物，分别以耐低盐和不耐低盐凡纳滨对虾的基因组DNA作为模板进行PCR扩增，分别获得长度为533bp的PCR产物。对测序结果进行比对分析，在该段序列中共检测到11个SNP位点，通过对这些模板在每个SNP位点的基因型的关联分析，确定了1个与耐低盐相关的SNP标记。本发明建立了凡纳滨对虾耐低盐优良品种分子标记辅助选育的技术体系，为快速选育凡纳滨对虾耐低盐优良品种奠定基础。

技术领域：

本发明涉及水产生物技术领域，具体涉及一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记、扩增引物及其应用。

背景技术：

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是全世界产量最大的养殖对虾。近年来，凡纳滨对虾淡水养殖发展很快，养殖产业对凡纳滨对虾耐低盐优良品种的需求逐渐加大。因此，很多科研机构和对虾公司开始着手进行凡纳滨对虾耐低盐优良品种的选育工作。

在国际上，以分子标记为基础的分子标记辅助选育技术已成为当代水产育种的关键技术。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)即SNP，是指由基因组单核苷酸变异(包括碱基转换、颠换、单碱基插入或缺失等)所引起的DNA序列多态性，是最新的第三代DNA分子标记。因其具有数量巨大、分布广泛、遗传稳定、测定准确简便、能显示其他技术无法检测的隐藏多态性以及可能与基因功能相关的众多优点，在分子标记辅助育种中得到广泛应用。

Na,K-ATPase基因是甲壳动物重要的渗透压调节基因，研究表明Na,K-ATPase基因是一个与凡纳滨对虾盐度抗逆相关的功能基因。因此，本发明针对凡纳滨对虾Na,K-ATPaseα亚基开发与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记，以期用于凡纳滨对虾耐低盐优良品种的辅助选育，从而加快凡纳滨对虾耐低盐优良品种的选育进程。

发明内容：

本发明的目的是提供一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记、扩增引物及其应用。用于凡纳滨对虾耐低盐优良品种的辅助选育，从而加快凡纳滨对虾抗逆优良品种的选育进程。

为实现上述发明目的，本发明以耐低盐和不耐低盐凡纳滨对虾的基因组DNA为模板，通过PCR扩增和测序来检测这些模板在Na,K-ATPaseα亚基一段基因组序列所包含的每个 SNP位点的基因型，通过关联分析方法确定耐低盐相关的SNP标记，并提供SNP位点扩增引物，建立凡纳滨对虾耐低盐优良品种分子标记辅助选育的技术体系，为快速选育凡纳滨对虾耐低盐优良品种奠定基础。

本发明的第一个目的是提供一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记，所述的SNP 标记位于SEQ ID NO.2所示序列自5’端起第379位碱基处，碱基为C或T。SEQ ID NO.2序列在379bp处的Y代表C或T，斜体部分代表内含子序列。

本发明的第二个目的是提供一种与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记的扩增引物，包括以下引物：

Lv-F：5’-TGATGAGCACAAGGTCCCA-3’；

Lv-R：5’-GAGAAACCACCGAAGAGG-3’。

本发明的第三个目的是提供上述的与凡纳滨对虾耐低盐性状相关的SNP标记在凡纳滨对虾分子标记辅助育种中的应用。

本发明的第四个目的是提供一种耐低盐凡纳滨对虾品种的选育方法，包括以下步骤：

a、提取待测凡纳滨对虾基因组DNA；

b、采用上述的扩增引物Lv-F和Lv-R对待测凡纳滨对虾基因组DNA进行PCR扩增；