[发明专利]鉴定和定量低频体细胞突变的方法

权利要求书

1.检测对象中转座子的基因组定位的方法，其包括以下步骤：

a)从得自该对象的测试样品中分离DNA样品；

b)对该DNA样品进行片段化处理，获得DNA片段；

c)在DNA片段的两端连接接头，获得转座子-接头文库；

d)使用引物对转座子-接头文库进行扩增，其中第一引物包含与转座子内部序列杂交的转座子特异性序列，第二引物包含与接头杂交的接头序列，由此对转座子及其侧翼序列进行扩增；

e)对扩增得到产物进行测序，以获得侧翼序列信息；

f)将得到的侧翼序列与参考基因组序列进行比对，以获得转座子插入的基因组定位和方向信息，

其中第一引物是由3、4、5、6、7、8或更多种第一引物构成的引物组，其中每种第一引物的5’端还包含文库接头序列，并且文库接头序列与转座子特异性序列之间包含数目不等的间隔区，所述间隔区是长度为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20bp的随机区，

所述方法不用于疾病的诊断或治疗。

2.鉴定组织或细胞特异性的转座子插入事件的方法，其包括以下步骤：

a)从得自个体的测试样品中分离DNA样品；

b)对该DNA样品进行片段化处理，获得DNA片段样本；

c)在DNA片段的两端连接接头，获得转座子-接头文库；

d)使用引物对转座子-接头文库进行扩增，其中第一引物包含与转座子内部序列杂交的转座子特异性序列，第二引物包含与接头杂交的接头序列，由此对转座子及其侧翼序列进行扩增；

e)对扩增得到产物进行测序，以获得侧翼序列信息；

f)将得到的侧翼序列与参考基因组序列进行比对，以获得转座子插入的基因组定位和方向信息；

g)将f)获得的测试样品的定位信息与参照定位信息进行比较，并将f)中存在而参照定位信息中不存在的位置上的转座子鉴定为测试组织或细胞中的特异性转座子插入事件，

其中第一引物是由3、4、5、6、7、8或更多种第一引物构成的引物组，其中每种第一引物的5’端还包含文库接头序列，并且文库接头序列与转座子特异性序列之间包含数目不等的间隔区，所述间隔区是长度为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20bp的随机区，

所述方法不用于疾病的诊断或治疗。

3.对个体中转座子的组织或细胞特异性转座子插入事件进行定量的方法，其包括以下步骤：

a)从来自该个体的测试样品中分离DNA样品；

b)对该DNA样品进行片段化处理，获得DNA片段样本；

c)在DNA片段的两端连接接头，获得转座子-接头文库；

d)使用引物对转座子-接头文库进行扩增，其中第一引物包含与转座子内部序列杂交的转座子特异性序列，第二引物包含与接头杂交的接头序列，由此对转座子及其侧翼序列进行扩增；

e)对扩增得到的产物进行测序，以获得侧翼序列信息；

f)将得到的侧翼序列与参考基因组序列进行比对，以获得转座子插入的基因组位点和方向信息；

g)将f)获得的测试样品的定位信息与参照定位信息进行比较，并将f)中存在而参照定位信息中不存在的位置上的转座子鉴定为测试组织或细胞中的特异性转座子插入事件；

h)统计文库测序数据中，组织或细胞特异性转座子插入事件来源的序列总数和该个体的参考基因组转座子插入事件来源的序列总数，取两者比值，对细胞特异性转座子插入事件进行定量，

其中第一引物是由3、4、5、6、7、8或更多种第一引物构成的引物组，其中每种第一引物的5’端还包含文库接头序列，并且文库接头序列与转座子特异性序列之间包含数目不等的间隔区，所述间隔区是长度为1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20bp的随机区，

所述方法不用于疾病的诊断或治疗。

4.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述转座子特异性序列与位于转座子3’或5’末端附近的转座子内部序列杂交。

5.权利要求4的方法，其中所述转座子特异性序列覆盖并结合目标转座子家族的特异性核苷酸序列或模体。