[发明专利]基于微卫星标记Scabrou_B的魁蚶基因型检测引物和方法

说明书

技术领域

本发明属于魁蚶（Scapharca brouhtonii）DNA分子遗传标记技术，涉及一种检测魁蚶微卫星标记Scabrou_B的技术方法，具体是魁蚶微卫星标记Scabrou_B的检测方法。

背景技术

魁蚶（Scapharca brouhtonii）隶属软体动物门（Mollusca），双壳纲（Bivalvia），蚶目（Arcoida），蚶科（Arcidae），毛蚶属（Scapharca），俗称赤贝、血贝、大毛蛤，是一种大型底栖息经济贝类。魁蚶广泛分布于太平洋西部沿岸，日本北海道以南，朝鲜半岛和俄罗斯东南部。在我国，魁蚶主要分布于辽东半岛东南部、山东半岛北部和东部等海区。魁蚶属于大型蚶，成体个大体肥，肉质鲜美，具有很高的经济价值。魁蚶已成为我国最重要的海水养殖品种之一。然而，目前东北亚地区不同地理种群魁蚶的分类学地位存在较大争议。无论是在外部形态上还是线粒体基因组的序列特征上，不同群体魁蚶都显示了较大的差异(Yokogawa 等, 1997；Liu 等, 2013；Liu 等, 2014)。魁蚶养殖业的发展迫切需要了解养殖品种清晰的遗传背景和遗传多样性，以掌握其资源状况，为魁蚶养殖业的发展奠定基础。微卫星标记作为一种共显性遗传标记，可以解决该问题。虽然同工酶标记、RAPD标记及AFLP标记技术也可以用于研究魁蚶的遗传结构及其遗传多样性，然而由于这些标记都属于显性遗传标记，检测效率不如微卫星标记等共显性标记高。另外，同工酶标记的缺点是多态性低， RAPD标记的稳定性不好，AFLP标记操作繁琐，这些都大大限制了它们的应用。而微卫星序列广泛分布于真核生物基因组中，其特点是种类多，等位基因数目多，多态性高，共显性，孟德尔遗传方式，并随机分布于基因组中，而且微卫星标记检测效率高，结果稳定。但由于目前开发的魁蚶微卫星标记多态性不高，限制了其分子遗传学研究的发展，所以迫切需要获取高多态性的微卫星标记以进行魁蚶遗传多样性、个体识别和系谱认证等方面的研究和应用。

参考文献Yokogawa K. Morphological and genetic differences between Japanese and Chinese red ark shell Scapharca broughtonii [J]. Fisheries Science, 1997, 63(3): 332-337

Liu YG, Kurokawa T, Sekino M, et al. Complete mitochondrial DNA sequence of the ark shell Scapharca broughtonii: an ultra-large metazoan mitochondrial genome [J]. Comparative Biochemistry and Physiology part D, 2013, 8(1): 72-81

Liu YG, Kurokawa T, Sekino M, et al. Tandem repeat arrays in the mitochondrial genome as a tool for detecting genetic differences among the ark shell Scapharca broughtonii [J]. Marine Ecology-An Evolutionary Perspective, 2014, 35(3): 273-280。

发明内容

本发明的目的是提供一种高多态性的魁蚶DNA分子遗传标记技术，即魁蚶微卫星标记Scabrou_B的快速检测方法，以弥补已有技术的不足。

本发明的基本构思主要是利用魁蚶DNA序列中含有的微卫星核心序列，在其两端设计特异性引物并进行PCR检测，从而快速地检测魁蚶每个个体在此微卫星区的遗传变异，获得该引物（微卫星标记Scabrou_B）对魁蚶的多态性图谱，通过图谱直观地检测出每个个体的基因型。基于上述背景现状和实际要求，本发明从魁蚶DNA序列中获取了一个微卫星标记，命名为Scabrou_B，该微卫星标记Scabrou_B可用于魁蚶遗传多样性分析和系谱认证。