[发明专利]仔猪腹泻大肠杆菌的全基因组测序分析方法

说明书

技术领域

本发明属于生物基因检测技术领域，具体涉及一种仔猪腹泻大肠杆菌的全基因组测序分析方法。

背景技术

大肠杆菌导致的仔猪腹泻给农业带来重大损失。导致猪腹泻的大肠杆菌依据其宿主的定植部位、毒力因子作用机制、临床症状及结局可分为肠集聚性大肠杆菌(EAEC)，可集合粘附于培养的HEp-2/HeLa细胞在肠黏膜形成生物膜；致病性大肠杆菌(EPEC)，依附于肠细胞造成肠细胞的损伤；肠出血性的大肠杆菌(EHEC/STEC)，能够产生不同形式的致贺毒素；肠毒素大肠杆菌(ETEC)，能够产生热稳定或热不稳定的毒素；肠侵略性的大肠杆菌(EIEC)，产生毒素质粒编码蛋白介导对肠上皮细胞的侵袭。每一种型别代表一类具有共同毒理因子的菌株。然而，目前分离的很多菌株具有多种型别的主要毒力因子，并且被认为具有更强的致病性。与猪腹泻相关的毒力因子包括黏附分子(F4,F5,F6,F18,F41,紧密黏附素)，毒素(STa,STb,LT,Stx2e,EAST1)，针对毒力因子的研究对于未来研究细菌的致病性具有重要意义。

大肠杆菌的血清型是其致病性的重要决定因素。导致猪腹泻的肠毒素性大肠杆菌的主要血清型包括O8,O9,O45,O101,O138,O139,O141,O149及O157。针对中国19个省肠外致病性的大肠杆菌的主要血清型研究显示O161,O8,O11,O138,O101及O26为主要流行的血清型。相对于人、牛、家禽而言，猪的流行血清型相对较少，流行的血清型在不同的地域不同的时间也是不尽相同，因此仍需要更多针对于猪流行血清型的研究。

抗生素的耐药是全球人类医学及动物医学面临的重要问题。致病性大肠杆菌的耐药是国际研究的一个焦点。在2011年5月德国爆发了产致贺毒素及肠黏附聚集的大肠杆菌O104:H4导致的溶血-尿毒症综合症。所有被分离出的菌株均对盘尼西林、头孢菌素耐药，对碳青霉烯类敏感。对耐药基因的分析对于控制致病性的菌及减少抗生素的耐药具有重要作用。相关的现有技术参数文献包括：

1.Gomes TA,Elias WP,Scaletsky IC,Guth BE,Rodrigues JF,Piazza RM,Ferreira LC,Martinez MB.Diarrheagenic Escherichia coli.Brazilian journal of microbiology:[publication of the Brazilian Society for Microbiology].2016；47Suppl 1:3-30.

2.Acosta GJ,Vigo NI,Durand D,Riveros M,Arango S,Zambruni M,Ochoa TJ.Diarrheagenic Escherichia coli:Prevalence and Pathotype Distribution in Children from Peruvian Rural Communities.The American journal of tropical medicine and hygiene.2016；95(3):574-579.

3.Frydendahl K,Imberechts H,Lehmann S.Automated 5'nuclease assay for detection of virulence factors in porcine Escherichia coli.Molecular and cellular probes.2001；15(3):151-160.

4.Frydendahl K.Prevalence of serogroups and virulence genes in Escherichia coli associated with postweaning diarrhoea and edema disease in pigs and a comparison of diagnostic approaches.Veterinary microbiology.2002；85(2):169-182.