[发明专利]一种山葡萄种质资源的鉴定方法及其应用

权利要求书

1.一种山葡萄种质资源的分类与鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

扩增待测样品的psbA-trnH和ITS2序列片段并测序；

参照不同已知山葡萄种的psbA-trnH和ITS2条形码序列进行序列比对，以确定待测样品的山葡萄种；

在进行序列比对时，包括如下步骤：

将低质量序列及引物区减掉；

去除psbA-trnH序列的psbA和trnH区段，使其获得间隔区序列；和切除ITS2 序列的5.8S 和26 S 区；

进行序列比对；

扩增待测样品的psbA-trnH序列片段时所用的引物对的核苷酸序列为：

psbA-trnH上游引物GTTATGCATGAACGTAATGCTC；

psbA-trnH下游引物CGCGCATGGTGGATTCACAATCC；

扩增待测样品的ITS2序列片段时所用的引物对的核苷酸序列为：

ITS2上游引物ATGCGATACTTGGTGTGAAT；

ITS2下游引物GACGCTTCTCCAGACTACAAT。

2.根据权利要求1所述的山葡萄种质资源的分类与鉴定方法，其特征在于，扩增待测样品的psbA-trnH序列片段时的退火温度为54℃~56℃。

3.根据权利要求1所述的山葡萄种质资源的分类与鉴定方法，其特征在于，扩增待测样品的ITS2序列片段时的退火温度为55℃~57℃。

4.根据权利要求1~3任一项所述的山葡萄种质资源的分类与鉴定方法，其特征在于，扩增待测样品的psbA-trnH和ITS2序列片段时，在PCR反应体系中：

DNA模板的浓度1.0~1.5ng/µL，正反向引物的浓度0.01~0.03 µmol/L。

5.根据权利要求1所述的山葡萄种质资源的分类与鉴定方法，其特征在于，在进行psbA-trnH条形码序列比对时，以下山葡萄种具有如下特征：

山葡萄品种“双优”及“双红”在392 bp 位点处G → T；

“双红”及“73061”在379 bp 位点处G → A；

“双丰”在255 bp位点处插入G；

“左优红”在27 bp 位点A → T；

“左山一”在213 bp 位点处G → C。

6.根据权利要求1所述的山葡萄种质资源的分类与鉴定方法，其特征在于，在进行ITS2条形码序列比对时，以下山葡萄种具有如下特征：

“4N1”和“4N2”在120 bp 位点A → G；

“双红”在201 bp 位点A → G；

“双丰”在100－102 bp 位点处变异为GCG → TTA；

“左优红”在229 bp 位点G → A，

“75047”和“73061”在6 bp 处缺失。

7.权利要求1~6任一项所述的方法在山葡萄种质资源分类中的应用。