[发明专利]一种肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法有效
| 申请号： | 201710830797.1 | 申请日： | 2017-09-15 |
| 公开（公告）号： | CN107475250B | 公开（公告）日： | 2019-04-05 |
| 发明（设计）人： | 张杰豪;束文圣;周集中;叶脉;徐卓菲;刘玉莲 | 申请（专利权）人： | 广东美格基因科技有限公司 |
| 主分类号： | C12N15/10 | 分类号： | C12N15/10 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 518000 广东省深圳*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 肠道内容物 宏基因组 前处理 清洗 高通量测序 核酸酶溶液 杂食性动物 细胞 蛋白酶K 提取量 冻融 腐剂 裂解 去除 蛋白质 纤维 释放 | ||
1.一种肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，包括如下步骤：
(1)在肠道内容物样品中加入去腐剂清洗2遍、离心去上清；
(2)加入去腐剂和1mM的EDTA溶液清洗；
(3)通过冻融法并加入10mg/ml的溶菌酶对细胞进行裂解；
(4)在65℃下加入蛋白酶K、摩尔质量为10％的SDS去除蛋白质和纤维；
(5)加入终浓度为20mg/ml的RNA酶去除RNA；
其中，所述去腐剂包括0.5M的EDTA、1M的Tris-HCl、0.1M的NaH2PO4、0.1M的Na2HPO4和1.5M的NaCl；
步骤(1)中，所述肠道内容物样品为鱼类的前肠道内容物、中肠道内容物和/或后肠道内容物。
2.根据权利要求1所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，步骤(1)中，所述肠道内容物样品为0.3～0.5g。
3.根据权利要求1所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，步骤(3)中，所述冻融法是-80℃冷冻15min，65℃融解5min。
4.根据权利要求3所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，所述冻融法重复3次。
5.根据权利要求1所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，步骤(3)中，所述对细胞进行裂解是在37℃下加热25min。
6.根据权利要求5所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，步骤(3)中，所述对细胞进行裂解后，将温度升高到95～100℃，持续5～10min后，待温度下降至65℃时，再进行步骤(4)。
7.根据权利要求1所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，步骤(4)中，所述加入蛋白酶K和SDS反应的时间为1h。
8.根据权利要求1所述的肠道内容物宏基因组DNA提取的前处理方法，其特征在于，步骤(5)中，所述加入RNA酶反应的时间为15min。
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