[发明专利]一种基于大数据的直缘乌头DNA条形码及直缘乌头的鉴定方法有效
申请号: | 201710980336.2 | 申请日: | 2017-10-19 |
公开(公告)号: | CN107630014B | 公开(公告)日: | 2018-08-31 |
发明(设计)人: | 杨俊波;何俊;王家艳;王红;李德铢 | 申请(专利权)人: | 中国科学院昆明植物研究所 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12Q1/6895 |
代理公司: | 北京高沃律师事务所 11569 | 代理人: | 刘奇 |
地址: | 650000 云*** | 国省代码: | 云南;53 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 基于 数据 乌头 dna 条形码 鉴定 方法 | ||
1.一种基于大数据的直缘乌头DNA条形码,其特征在于,所述DNA条形码为由引物对扩增得到的总长为443bp的DNA片段,所述引物对的序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示;所述DNA片段的碱基序列中,第106-112bp为碱基ACTAAGA,第201-210bp为碱基CCTATCTATA。
2.根据权利要求1所述的DNA条形码,其特征在于,所述DNA条形码的序列如SEQ IDNO.3所示。
3.一种基于大数据的直缘乌头鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)提取待测样本DNA;
(2)利用DNA条形码的引物对进行PCR扩增,得到443bp的扩增产物,所述引物对序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2;
(3)对所述扩增产物进行测序,按照下列特异性位点进行直缘乌头物种鉴别的序列特征比对:第106-112bp为碱基ACTAAGA,第201-210bp为碱基CCTATCTATA;
若扩增产物符合上述条件,则该待测样本为直缘乌头。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述PCR的扩增体系为20μL,组份配比如下:10μmol/L正反向引物各0.5μL,2×TaqPCRMasterMix10μL,50~100ng/L模板DNA 1.0μL,ddH2O 8μL。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述PCR的扩增条件为:95℃预变性2min,1个循环;95℃变性30s,52℃退火1min,72℃延伸2min,35个循环;72℃延伸7min。
6.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述测序为双向测序,所述测序的引物对序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述测序的反应体系为5μL:其中ddH2O 3μL,10μmol/L正反向引物各0.25μL,测序反应混合物0.5μL,PCR纯化产物1μL。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述测序的反应条件为:96℃预变性10s,50℃退火5s,60℃延伸4min,33个循环。
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