[发明专利]单链环状文库的构建方法有效
申请号: | 201711078817.0 | 申请日: | 2017-11-06 |
公开(公告)号: | CN109750086B | 公开(公告)日: | 2022-08-02 |
发明(设计)人: | 严海生;张通达;郭健 | 申请(专利权)人: | 深圳华大智造科技股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/10;C40B50/06 |
代理公司: | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人: | 关畅 |
地址: | 518083 广东省深圳*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 链环 文库 构建 方法 | ||
1.单链环状文库的构建方法,包括:
1)利用转座酶复合体打断靶DNA,得到DNA打断产物;
所述转座酶复合体包括转座酶和转座元件,所述转座酶为TN5转座酶,所述转座元件由名称分别为A和B的接头组成;
所述A由名称分别为a1和c1的单链DNA组成,所述a1由捕获标签、名称序列甲的单链DNA和所述转座酶的识别序列依次连接得到,所述序列甲为序列表中序列1的第1-16位所示的单链DNA,所述识别序列为序列1的第17-35位;所述c1为所述识别序列的互补序列;
所述B由所述识别序列所示单链DNA以及所述c1组成;
2)对所述DNA打断产物进行缺口平移,得到缺口平移产物;将所述缺口平移产物解链,利用所述捕获标签进行捕获得到含有所述捕获标签的单链DNA;所述捕获标签为生物素;
利用成套引物对所述含有所述捕获标签的单链DNA进行扩增,得到的扩增产物;所述成套引物由名称分别为P1、P2和P3的单链DNA组成;
所述P1含有所述序列甲,所述序列甲位于所述P1的3′端,所述P1还含有标签序列和/或用于对所述标签序列进行测序的标签测序引物和/或测序引物;所述标签序列为随机序列,所述标签序列的长度为6-16nt ;
所述P2为所述P1的5′端的第1-15位;
所述P3为所述识别序列的3′端部分序列,所述P3的长度为6-19nt;
3)将所述扩增产物环化,得到单链环状文库。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述成套引物中所述P1、所述P2和所述P3的摩尔比为1:50:1-1:300:1。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述成套引物中所述P1、所述P2和所述P3的摩尔比为1:100:1-1:200:1。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述P1中所述标签序列的长度为10nt。
5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:所述标签测序引物为标签测序引物1和标签测序引物2;所述标签测序引物1为序列表中序列2的第18-32位所示的单链DNA,所述标签测序引物2为与序列表中序列2的第43-59位互补的单链DNA;
所述测序引物为测序引物1和测序引物2;所述测序引物1为序列表中序列2的第58-84位所示的单链DNA,所述测序引物2为与序列表中序列2的第1-25位互补的单链DNA。
6.根据权利要求1-5中任一所述的方法,其特征在于:
所述P1为序列表中序列2所示的单链DNA;
所述P2为序列表中序列3所示的单链DNA;
所述P3为序列表中序列4所示的单链DNA。
7.单链DNA前体文库的制备方法,包括权利要求1-6中任一所述方法中的步骤1)和2)。
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