[发明专利]基于22个基因的胃癌腹膜转移预测模型及其应用

说明书

本发明属基因检测领域，提供胃癌腹膜转移预测基因模型及其应用，包括PCLO、UGGT1、ZNF714、KIAA0825、COL23A1、MED1、NPAS2、TTC14、RPS27A、ASPH、ARHGEF12、SIK1、PAPPA、HHIPL1、MYO9B、ITPKB、ZNF862、MKNK1、MUC6、TRRAP、DUOX1和KRTAP5‑2；选定分类器SVM及阳性判断阈值0.5，据此有效特异地对腹膜转移风险进行预测。本发明基因模型的应用有助于预判胃癌患者的转移情况，对及时采取有效临床措施、制定个体化的诊治方案，最终提高胃癌患者生存率具有重要的价值和意义。

技术领域

本发明属于基因检测领域，具体涉及胃癌腹膜转移预测基因模型及其应用。

背景技术

据最新统计，胃癌是全球发病率位居第四、死亡率位居第二的恶性肿瘤，而在我国胃癌死亡率则高居恶性肿瘤死亡率第三位。早期胃癌无明显症状，大多数患者就诊时已到中晚期，并无有效治疗方法。腹膜转移是胃癌转移的主要方式，10-25％的胃癌患者在术前或术中即发现有腹膜转移，而根治术后的患者中30-60％仍出现腹膜转移。因此，胃癌腹膜转移是胃癌主要的死亡原因，也是胃癌治疗的瓶颈。

胃癌侵袭转移过程非常复杂，主要包括黏附、降解、移动和血管生成4个阶段，其中涉及众多的分子途径和信号通路上的基因。研究表明，胃癌腹膜转移的始动过程可能包括的基因种类有：抗氧化活性相关基因，细胞凋亡相关基因、细胞粘合相关基因、细胞代谢相关基因、细胞周期相关基因、酶调控活性相关基因、细胞信号转导活性相关基因、细胞结构分子活性相关基因、转录调控活性相关基因、翻译调控活性相关基因、转运活性相关基因等多类功能基因。

目前胃癌腹膜转移的分子机制还未得到系统解析，尚无相关基因模型可以预测或诊断胃癌的腹膜转移风险。而及早预测胃癌患者的转移风险，对于及时采取积极的临床干预措施或者避免不必要的临床治疗措施如腹腔灌注化疗，从而制定个体化的诊治方案，提高胃癌患者生存率的都具有重要的价值和意义。

发明内容

本发明的目的是提供胃癌腹膜转移预测基因模型及其应用，克服目前缺乏胃癌腹膜转移预测基因模型的不足，本发明在对胃癌样本的基因组进行系统解析的基础上提出了特定的基因模型，可以有效特异地对胃癌腹膜转移风险进行评估。

本发明解决其技术问题所采用的技术方案如下：

本发明的目的1在于提供胃癌腹膜转移预测基因模型，所述模型涉及22个人类基因的任一个或多个基因组合，优选地，包含但不限于全部22个基因；所述22个基因具体为PCLO、UGGT1、ZNF714、KIAA0825、COL23A1、MED1、NPAS2、TTC14、RPS27A、ASPH、ARHGEF12、SIK1、PAPPA、HHIPL1、MYO9B、ITPKB、ZNF862、MKNK1、MUC6、TRRAP、DUOX1和KRTAP5-2。这22个基因的任一个或多个基因组合可以被用于制备胃癌腹膜转移诊断芯片、构建胃癌腹膜转移预测和检测方法以及制备胃癌腹膜转移治疗药物。

本发明的目的2在于提供基于基因模型预测胃癌腹膜转移的方法，所述方法的主要步骤如下：

（1）基因捕获和二代测序解析突变谱

提取待测样本基因组DNA，利用核酸芯片或核酸探针进行基因模型中22个基因的至少一个或多个基因的组合的捕获；将捕获产物进行二代测序，并通过信息分析找出突变位点；

（2）腹膜转移的基因模型分析

将（1）中基因突变谱，按照突变和无突变两种状态，通过SVM分类器对统计数据进行样品阳性率的预测，阳性判断阈值为0.5：如果p≥0.5，则判断或预判该样品为腹膜转移高风险样品；如果p0.5，则判断或预判该样品为腹膜转移低风险样品。