[发明专利]用于多重PCR文库构建的连接序列及其设计方法有效
申请号: | 201711111664.5 | 申请日: | 2017-11-13 |
公开(公告)号: | CN107988219B | 公开(公告)日: | 2018-11-02 |
发明(设计)人: | 糜庆丰;朱鹏远;吴春求;黄铨飞;王杨;周幸芝;吕来灰 | 申请(专利权)人: | 东莞博奥木华基因科技有限公司 |
主分类号: | C12N15/11 | 分类号: | C12N15/11;C12Q1/6811;C40B50/06 |
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地址: | 523808 广东省东莞市松山湖高新技*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 连接序列 文库构建 测序文库 多重PCR 测序 构建 建库 苯丙酮尿症 候选序列集 遗传性耳聋 安全用药 靶向用药 核酸测序 候选序列 扩增体系 目标片段 市场应用 通用性强 突变基因 致病基因 试剂盒 基因 乳腺癌 初筛 核酸 扩增 位点 文库 肺癌 标签 检测 节约 应用 | ||
1.一种用于多重PCR文库构建的连接序列,所述连接序列设置于目标片段特异性引物的5’端,构成连接引物;所述连接序列还设置于测序接头的3’端,构成连接接头;基于连接序列的设置,通过PCR扩增实现目标片段与测序接头的连接,所述连接序列选自SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:6任意一条核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的用于多重PCR文库构建的连接序列,其特征在于:所述连接序列还可设置于标签的3’端,构成连接标签,通过PCR扩增实现标签、测序接头、目标片段的连接。
3.根据权利要求1或2所述的用于多重PCR文库构建的连接序列,其特征在于:所述连接序列用于Ion torrent测序平台。
4.根据权利要求1或2所述的用于多重PCR文库构建的连接序列,其特征在于:所述连接序列适用于人核酸测序文库构建。
5.如权利要求1~4任一项所述的连接序列的设计方法,包括如下步骤:
获取候选序列集:采用滑窗法构建人类远源物种基因组核苷酸序列集N和人类基因组核苷酸序列集M,将序列集M中出现的序列从序列集N中剔除,获得候选序列集;所述人类远源物种选自
候选序列初筛:在候选序列集中,筛选满足以下条件的序列:
(1)解链温度为55~65℃的序列;
(2)不包含未知碱基的序列;
(3)与序列自身、测序接头不形成二聚体的序列;
e-PCR复筛:将初筛获得的序列对人类参考基因组进行e-PCR分析,筛选不生成模拟扩增产物的序列作为连接序列。
6.根据权利要求5所述的设计方法,其特征在于:获取候选序列集时,滑窗法以15~20bp为窗口大小,1bp为步长,扫描相应的参考基因组。
7.根据权利要求5所述的设计方法,其特征在于:筛选与序列自身、测序接头不形成二聚体的序列的方法为:利用primer软件,将候选序列集中的各条序列分别与序列自身、测序接头进行二聚体分析,剔除能够形成二聚体的序列。
8.权利要求1~4任一项所述的连接序列、利用权利要求1~4任一项所述的连接序列构成的连接引物、连接接头、连接标签在人核酸测序文库构建及制备人核酸测序试剂盒中的应用;其中,所述连接序列设置于目标片段特异性引物的5’端,构成连接引物;所述连接序列设置于测序接头的3’端,构成连接接头;所述连接序列设置于标签的3’端,构成连接标签。
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