[发明专利]检测MSI的非诊断方法

权利要求书

1.一种检测MSI的非诊断方法，其包括以下步骤：

(1)样品制备步骤：从血液分离血浆和白细胞，并提取血浆中的ctDNA作为待检测样品，和白细胞中的gDNA作为标准样品；其中所述gDNA的含量低于所述ctDNA的1/3；

(2)文库构建步骤：以所述ctDNA为模板建立测序文库，同时以所述gDNA为模板建立标准文库，其中各文库建立时用于PCR扩增的引物组由SEQ ID NO:1-14组成；

(3)文库测序步骤：以相同的方法分别对所述测序文库和所述标准文库进行测序；

(4)测序结果的分析步骤，其中包括在所述测序文库和所述标准文库中分别确定各位点中重复单元的序列，并分别统计各序列长度，计算各序列长度的相对频率分布，去除序列长度等于300bp及所述测序文库与所述标准文库共有的序列长度的相对频率，以各位点在所述测序文库和所述标准文库中的相对频率绘制分布曲线，并根据两条曲线是否趋势一致判断是否存在MSI。

2.根据权利要求1所述的非诊断性方法，其中在所述样品制备步骤中，使用生物芯片进行片段分析来确保所述gDNA的含量低于所述ctDNA的1/3。

3.根据权利要求1所述的非诊断性方法，其中所述引物组包括位点引物和性别引物。

4.根据权利要求1所述的非诊断性方法，其中所述文库构建步骤包括使用SEQ ID NO:1-14组成的引物组进行多重PCR扩增，得到扩增产物，纯化所述扩增产物，得到纯化产物，并使用非PCR方式利用所述纯化产物进行文库构建。

5.根据权利要求1所述的非诊断性方法，其中所述文库构建步骤包括在引物末端添加文库接头。

6.根据权利要求5所述的非诊断性方法，其中在各位点的正向引物的5’端添加SEQ IDNO:15所示的序列，并在各位点的反向引物5’端添加SEQ ID NO:16所示的序列。

7.根据权利要求6所述的非诊断性方法，其中进一步包括以ctDNA或gDNA为模板，使用添加文库接头的引物进行杂交和目标区域连接，生成杂交链；然后以所述杂交链为模板进行PCR扩增。

8.根据权利要求7所述的非诊断性方法，其中所述文库构建步骤中的PCR扩增时所使用的引物序列如SEQ ID NO:17和SEQ ID NO:18所示。

9.根据权利要求1所述的非诊断性方法，其中在所述文库测序步骤中使用高通量测序技术分别对测序文库和标准文库进行测序。

10.根据权利要求1所述的非诊断性方法，其中在所述测序结果的分析步骤中，如果各位点在测序文库和标准文库的序列长度的相对频率分布曲线一致，则计数为0，否则计数为1；统计各位点的分数值之和x；当x＝0时，为稳定型，当x＝1时为低频不稳定型，当x1时为高频不稳定型。