[发明专利]鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1（ITS1）通用引物设计方法及应用在审
| 申请号： | 201711348352.6 | 申请日： | 2017-12-15 |
| 公开（公告）号： | CN107881248A | 公开（公告）日： | 2018-04-06 |
| 发明（设计）人： | 龚理;孔晓瑜 | 申请（专利权）人： | 浙江海洋大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12N15/11 |
| 代理公司： | 杭州浙科专利事务所(普通合伙)33213 | 代理人： | 吴秉中 |
| 地址： | 316000 浙江省舟*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 鲽形目鳎科 鱼类 核糖 体内 转录 间隔 its1 通用 引物 设计 方法 应用 | ||
1.鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1（ITS1）通用引物设计方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：
1)从Genbank获取鳎科鱼类18S rDNA和5.8S rDNA序列，利用ClustalXv1.83做序列的比对，分别在3’端和5’端找出保守序列，作为引物候选区；
2)利用OLIGO v6软件对候选区序列进行分析，设定引物序列选择条件。
2.根据权利要求1所述的鲽形目鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1（ITS1）通用引物设计方法，其特征在于：所述步骤2)中引物序列选择条件为：引物长度23-25bp左右，GC含量40％-65％，退火温度为55-60℃。
3.权利要求2所述方法设计的通用引物，其特征在于：所述正向引物序列为：TCGCTACTACCGATTGGATGGTTTA，反向引物序列为：AAGCGACCCTCAGACAGGCGTAG。
4.权利要求3所述通用引物在鉴别鳎科鱼类中的应用。
5.根据权利要求4所述的通用引物在鉴别鳎科鱼类中的应用，其特征在于：所述应用的具体过程为：提取待鉴别鳎科鱼类的基因组DNA，使用通用引物对提取的DNA进行核糖体内转录间隔区1（ITS1）扩增反应，对扩增产物进行纯化测序。
6. 根据权利要求5所述的通用引物在鉴别鳎科鱼类中的应用，其特征在于：所述扩增反应体系为：取100ng模板DNA，0.5μL浓度为10μmol/L的上游引物，0.5μL浓度为10μmol/L的下游引物，2.5μL 10×buffer，0.5μL浓度为10mmol/L的dNTP，1.5μL浓度为25mmol/L的MgCl2，0.2μL Taq聚合酶混合，加双蒸水至25μL。
7.根据权利要求5所述的通用引物在鉴别鳎科鱼类中的应用，其特征在于：所述扩增反应条件为：95℃预变性5min，然后95℃变性20s，60℃退火20s，72℃延伸1min，进行30个循环，最后72℃延伸5min。
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