[发明专利]一种SPE法提取循环肿瘤DNA的方法

说明书

本发明提供一种SPE法提取循环肿瘤DNA的方法，属生物技术领域。本发明具体步骤如下：1)将循环肿瘤DNA富集材料装入移液枪枪头或者凝胶上样吸头中，形成微固相萃取柱，采用洗脱液和上样液活化及平衡微固相萃取柱，将生物样品溶解于上样液中，并上到微固相萃取柱上，循环肿瘤DNA富集材料与生物样品的质量比为100～1000:1；2)采用5‑200倍柱体积的淋洗液冲洗萃取柱，淋洗液pH 0‑7；3)采用5‑100倍柱体积的洗脱液洗脱得循环肿瘤DNA，洗脱液pH 10‑12；所述DNA富集材料为金属内核/碳壳层结构的纳米颗粒材料。所述DNA富集材料为金属内核/碳壳层结构的纳米颗粒。本发明的方法在提取循环肿瘤DNA方面表现出了高选择性和高通量等特点，可以实现循环肿瘤DNA的有效分离和富集。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种SPE法提取循环肿瘤DNA的方法。

背景技术

循环肿瘤DNA，即ctDNA(circulating tumor DNA)，是指肿瘤细胞经过细胞凋亡或者坏死产生的DNA片段释放进入循环系统。ctDNA存在于血液、滑膜液和脑脊液等体液中。由于ctDNA半衰期为1小时左右，能准确反映肿瘤当前情况，所以ctDNA可以作为组织活检的非侵入性替代方案。另外，ctDNA在癌症早期诊断、预后和测定药物治疗反应中发挥作用。

目前主流的ctDNA突变检测技术包括基于PCR扩增技术和基于DNA序列检测技术两类。但是不管哪种测序技术，都需要都对DNA进行富集和提取，以降低对扩增或者后续测序的干扰。

ctDNA的主要提取方法主要是基于硅球、磁性小球的固相萃取方法和基于苯酚-氯仿的液液提取方法。主要问题是提取效率和重新性。

发明内容

针对上述问题，本发明提供一种SPE法提取循环肿瘤DNA的方法。

一种SPE法提取循环肿瘤DNA的方法，采用分散固相萃取模式，具体步骤如下：

1)将循环肿瘤DNA富集材料装入移液枪枪头或者凝胶上样吸头中，形成微固相萃取柱，采用洗脱液和上样液活化及平衡微固相萃取柱，将生物样品溶解于上样液中，并上到微固相萃取柱上，循环肿瘤DNA富集材料与生物样品的质量比为100～1000:1；

2)采用5-200倍柱体积的淋洗液冲洗萃取柱，淋洗液pH 0-7；

3)采用5-100倍柱体积的洗脱液洗脱得循环肿瘤DNA，洗脱液pH 10-12；

上述整个过程在10-60℃进行；

所述循环肿瘤DNA富集材料为金属内核/碳壳层结构的纳米颗粒材料。

所述金属内核/碳壳层结构的纳米颗粒材料，其内核为金属纳米颗粒，其外壳的结构式为如下所示：

所述金属为Ag,Ti,Fe,Ga,Ni,Au,Pd或Pt。。

所述生物样品为血液、滑膜液、脑脊液或尿液。

所述上样液为有机溶剂、有机酸和水的混合液，有机溶剂为乙腈、甲醇或乙醇；有机酸为甲酸、乙酸或三氟乙酸，所述上样液中有机溶剂体积为10-50％，pH 0-7。

所述洗脱液为有机溶剂、有机酸和水的混合液，有机溶剂为乙腈、甲醇或乙醇；有机酸为甲酸、乙酸或三氟乙酸，所述洗脱液中有机溶剂体积为10-50％，pH 10-12。

所述淋洗液为有机溶剂、有机酸和水的混合液，有机溶剂为乙腈、甲醇或乙醇；有机酸为甲酸、乙酸或三氟乙酸，所述淋洗液中有机溶剂的体积为0-50％，pH 0-7。

本发明的优点和有益效果为：本发明的方法在提取循环肿瘤DNA方面表现出了高选择性和高通量等特点，可以实现循环肿瘤DNA的有效分离和富集。

附图说明