[发明专利]一种KIF1B基因rs17401966位点SNP核酸质谱检测方法

说明书

本发明提供了一种KIF1B基因rs17401966位点SNP核酸质谱检测方法，首先通过第一步PCR反应扩增出含有SNP位点的片段，而非单独扩增SNP位点，以提高样品的可操作性以及后续操作的精度；通过SAP对步骤S1得到的扩增产物进行去磷酸化处理，防止DNA分子5'端与3'端连接，在后续步骤准备好之前让DNA分子保持线性状态，从而保证后续实验的准确度；最后通过步骤S3对rs17401966位点进行单碱基延伸，利用变性‑退火内循环使DNA双链充分解螺旋、分离，从而实现不同SNP的精确分型。通过上述方法，可以快速、准确地获得KIF1B基因rs17401966位点的SNP分型信息，操作简便、可靠性强，可以为后续的相关研究提供可靠的参考信息。

技术领域

本发明属于SNP检测技术领域，特别涉及一种KIF1B基因rs17401966位点SNP核酸质谱检测方法。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90％以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。

KIF1B是驱动蛋白-3(kinesin-3)家族成员，位于1号染色体36.2区域，属于N-端驱动蛋白。NB是一种多发于儿童的神经内分泌恶性肿瘤中，其神经衍生的顶端瘤会频繁将上述区域删除，使得在晚期肿瘤细胞中，KIF1Bβ的表达显著下降。另外，KIF1Bβ的低表达还与患者不良预后和生存期短相关，这也为进一步提示KIF1Bβ是一个NB单倍计量不足的肿瘤抑制因子提供了证据。有研究证实，KIF1B作为单体型的线粒体运载蛋白参与胃癌的发展，并且与肿瘤细胞的凋亡相关。还有研究显示，KIF1B的表达异常可能会增加肝癌和胃肠间质瘤的几率，并可能与Ⅱ型糖尿病以及一些神行系统疾病如腓骨肌萎缩症、进行性神经性肌萎缩以及多发性硬化症等的发生存在相关性。

KIF1B基因上存在中多SNP位点，每个SNP位点的不同表达形式均可能对上述病症产生不同的影响。因此，提供一种高效、准确的SNP检测方法，将会为研究KIF1B对上述疾病的影响机制提供重要的参考信息和理论支持。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明提供了一种KIF1B基因rs17401966位点SNP核酸质谱检测方法。

本发明具体技术方案如下：

本发明一方面提供了一种KIF1B基因的rs17401966位点SNP核酸质谱检测引物组，包括如下引物：

上游引物rs17401966-F：5`-ACGTTGGATGAATTGCACCTTGGTAGTCCC-3`(如SEQ.ID.No.1所示)；

下游引物rs17401966-R：5`-ACGTTGGATGAACCTCTAAGAACACTTGAC-3`(如SEQ.ID.No.2所示)；

延伸引物rs17401966-E：5`-GTGCCTCTATGAGTCC-3`(如SEQ.ID.No.3所示)；

KIF1B基因的rs17401966位点野生型碱基序列如SEQ.ID.No.4所示。

本发明另一方面提供了一种应用该引物组的KIF1B基因rs17401966位点SNP核酸质谱检测方法，包括如下步骤：

S1：用上游引物rs17401966-F和下游引物rs17401966-R进行第一轮PCR，对模板DNA进行扩增，得到含有所述rs17401966位点的片段；

S2：对步骤S1得到的片段进行去磷酸化处理，得到脱磷酸片段；

S3：用延伸引物rs17401966-E对所述脱磷酸片段进行单碱基延伸，对不同SNP进行分型；