[发明专利]人类LMNA-NTRK1基因融合突变检测引物、探针及检测试剂盒

说明书

本发明涉及生物技术及医学领域，具体公开了人类LMNA‑NTRK1融合基因突变的检测引物、探针及检测试剂盒，用于LMNA‑NTRK1融合基因突变的检测。所述检测引物包括SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的序列，所述探针序列如SEQ ID NO:3所示，其5’端修饰有FAM或VIC，3’端修饰有NFQ‑MGB。所述试剂盒含有上述检测引物与探针以及质控系统等。本发明可特异性识别LMNA‑NTRK1融合突变，且灵敏度高，可以检出5拷贝的突变，整个逆转录PCR及荧光PCR检测过程只需要80分钟即可完成。

技术领域

本发明涉及生物技术及医学领域，具体地说，涉及人类LMNA-NTRK1基因融合突变的检测。

背景技术

近年来，随着分子诊断技术的发展，越来越多与肿瘤治疗相关基因突变(包含点突变、插入/缺失突变、基因融合等)被发现，在肿瘤个性化诊疗过程中发挥重要作用。神经营养因子酪氨酸激酶受体(NTRK)基因包含NTRK1、NTRK2和NTRK3，分别负责编码原肌凝蛋白受体激酶(TrK)家庭蛋白TrKA、TrKB和TrKC的合成，在中枢和周围神经系统发育及细胞生存过程中发挥重要作用。神经营养因子与TrK蛋白质结合后可诱导受体二聚体化、磷酸化并激活下游PI3K、RAS/MAPK/ERK和PLC-γ的信号级联通路。TRK信号通路的改变，包括基因融合、蛋白过度表达或单核苷酸改变，已经被发现是许多疾病的致病原因，特别是NTRK1基因融合，能够导致激酶的组成型激活或过表达，引起肿瘤的发生和发展。

Entrectinib是一种新型的具备中枢神经活性的口服酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor，TKI)，靶向含有NTRK1/2/3，ROS1或ALK基因融合突变的肿瘤，FDA授予其冲破性疗法认定，用于治疗NTRK基因融合阳性，部分晚期或转移性实体瘤患者，这些患者在接收现有疗法后疾病仍进展，或者没有标准疗法。临床研究表明，entrectinib对LMNA-NTRK1基因融合患者具有良好的治疗效果，具体为LMNA 11号外显子与NTRK1 10号外显子发生融合。因此进行LMNA-NTRK1基因融合突变检测，在帮助指导用药和个性化治疗、药物疗效实时检测等方面具有重要意义。

目前，可以临床上检测融合基因突变的检测方法主要为实时荧光PCR方法和直接测序法。然而直接测序法操作复杂，效率低，通常要1-2天才可出检测结果。因此需要有适当的检测方法来满足以下要求：1)能精确检测出LMNA-NTRK1融合突变类型；2)检测时间短；3)体系设计中含有防污染体系及空白对照，防止假阳性结果的产生，保证检测结果的准确可靠。

发明内容

为了解决目前还没有一种检测LMNA-NTRK1基因融合突变方法的问题，本发明的目的是提供人类LMNA-NTRK1基因融合突变的检测引物、探针及检测试剂盒。

为了实现本发明目的，本发明的技术方案如下：

第一方面，本发明提供了用于检测人类LMNA-NTRK1基因融合突变的引物组合，包括SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的序列。该引物组合可以特异性识别LMNA-NTRK1融合突变。

不仅如此，本发明还提供了与所述引物组合配合使用的特异性探针，其序列如SEQID NO:3所示，其5’端修饰有FAM或VIC，3’端修饰有NFQ-MGB。

第二方面，本发明提供了用于检测人类LMNA-NTRK1基因融合突变的试剂盒，其含有前述的引物组合与特异性探针。

为了提高所述试剂盒的检测准确度，所述试剂盒还含有质控系统，阳性对照液和空白对照液。

所述质控系统包含质控引物和质控探针，质控引物的序列如SEQ ID NO:4和SEQID NO:5所示，所述质控探针的序列如SEQ ID NO:6所示，所述质控探针的5’端修饰有FAM或VIC，3’端修饰有NFQ-MGB。