[发明专利]一种分析体系内相似序列相对数量的方法

说明书

本发明公开一种分析体系内相似序列相对数量的方法，包括如下步骤：将待检测的至少两种同源序列用一引物对进行扩增，扩增结果进行一代测序，将测序得到的峰值数据以及作为参比差异序列的所述同源序列一起提交给计算机程序进行比对，统计每个序列所有差异位点的平均强度，各序列平均信号强度的比值即代表了所述同源序列的数量比值。本发明对于一个体系内相似序列并不是都能够表达或者存在表达量差异的情况，能够通过一代测序即可简单便捷的分析出所述相似序列的相对数量，对于其分别对应的功能基因的研究具有重要意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种分析体系内相似序列相对数量的方法。

背景技术

功能基因组学是一种利用结构基因组所提供的信息和产物，发展和应用新的实验手段，通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能，使得生物学研究从对单一基因或蛋白质的研究转向多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。基因的功能包括：生物学功能，如作为蛋白质激酶对特异蛋白质进行磷酸化修饰；细胞学功能，如参与细胞间和细胞内信号传递途径；发育上功能，如参与形态建成等。这些功能基因在基因组中常常有多个拷贝，这些拷贝之间的序列高度相似，只有部分碱基序列的差异，甚至只有几个碱基的SNP差异，然而这些差异的基因在特定情况下并不是都能够表达或者存在表达量的差异，因此，研究基因组中功能基因多个拷贝的相对数量变得非常困难。

怎样弄清楚这些相似的同源基因在细胞内的相对丰度，对于确定其对应基因的功能研究有重要意义。PCR技术是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术，对于同源基因之间全部表达或者不表达的情况通过普通PCR就很容易确定，然而对于同源基因仅仅是量的差异情况，目前还没有一种简单便捷的分析方法。

发明内容

本发明的目的是针对现有技术存在的问题，提出了一种分析体系内相似序列相对数量的方法，通过一代测序方法就能够简单快速判定同源基因产物的相对丰度。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案是：

本发明提供一种分析体系内相似序列相对数量的方法，包括如下步骤：将待检测的至少两种同源序列用一引物对进行扩增，扩增结果进行一代测序，将测序得到的峰值数据以及作为参比差异序列的所述同源序列一起提交给计算机程序进行比对，统计每个序列所有差异位点的平均强度，各序列平均信号强度的比值即代表了所述同源序列的数量比值。

所述一代测序基于毛细管电泳，电泳后扫描电泳泳道上的荧光信号并记录，具体的，一代测序结果数据为ABI公司开发的数据软件，所述峰值数据指距离电泳起点一定距离上的A,T,C,G对应荧光信号强度。

优选的，所述扩增过程对所有所述同源序列具有同样的扩增效率。

优选的，所述引物对与所述同源序列均为100％匹配，扩增过程选定的扩增靶标DNA中差异位点范围为4～30个。

优选的，所述参比差异序列为所述扩增靶标DNA中的所有同源序列。

优选的，每次比对的所述同源序列为两种。

优选的，所述计算机程序进行比对的方法包括：先根据提交的参比差异序列算出所有差异位点，记录这些差异位点的具体碱基和在序列中的位置；然后根据这些位置信息在测序结果文件数据中找出这些位置上4种碱基的信号强度，并记录；统计所有差异位点上不同碱基的信号强度；对每个位点的信号强度进行均一化；统计每个序列所有差异位点的平均强度，各序列平均信号强度的比值代表了起始体系中各同源序列的数量比值。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：对于一个体系内相似序列并不是都能够表达或者存在表达量差异的情况，能够通过一代测序即可简单便捷的分析出所述相似序列的相对数量，对于其分别对应的功能基因的研究具有重要意义。

附图说明

图1为实施例中的测序结果用数据软件打开的峰值数据图。