[发明专利]判断基因组中目标基因拷贝数的方法

权利要求书

1.判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，用待测物种的基因组中一个已知拷贝数的基因作为内参基因A，记为拷贝数为X的内参基因A；

构建一个基因片段ABm，其上含有相同拷贝数的内参基因A序列的突变片段Am和待检测目标基因B的突变片段Bm；

在PCR体系中加入基因组模板和ABm，调整浓度使体系中A和ABm的摩尔比接近1:1的水平，构建两个体系的PCR反应：第一个体系中设计一对引物PA-F/PA-R用于扩增内参基因A和A的突变片段Am，第二个体系中设计一对引物PB-F/PB-R用于扩增目标基因B和B的突变片段Bm，两个体系中都用相同的混合的基因组和ABm片段的DNA作为模板，PA-F/PA-R的扩增产物为A/Am，PB-F/PB-R的扩增产物为B/Bm，分析两个体系中A:Am的摩尔比值An和B:Bm的摩尔比值Bn，则待检测目标基因B的拷贝数N＝X*Bn/An。

2.根据权利要求1所述的判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，所述突变片段Am和突变片段Bm的四种碱基为均衡突变，突变位点数大于4个，且突变后的模板和突变前的模板具有相同的PCR扩增效率。

3.根据权利要求1所述的判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，所述使体系中A和ABm的摩尔比接近1:1的方法为：通过计算基因组的大小和基因组模板的浓度，以及ABm的浓度和ABm所在的分子大小计算得到。

4.根据权利要求1所述的判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，所述An和Bn的计算方法通过高通量测序或者一代测序方法得到。

5.根据权利要求4所述的判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，采用一代测序方法得到An和Bn值的方法为：将两个PCR体系分别的扩增结果进行一代测序，将测序得到的峰值数据以及作为参比差异序列的同源序列一起提交给计算机程序进行比对，统计每个序列所有差异位点的平均强度，各序列平均信号强度的比值即代表了所述同源序列的数量比值；所述同源序列为A/Am序列或者B/Bm序列。

6.根据权利要求5所述的判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，所述引物PA-F/PA-R或者引物PB-F/PB-R，与对应的所述同源序列均为100％匹配，扩增过程选定的扩增靶标DNA中差异位点范围为4～30个。

7.根据权利要求5或6所述的判断基因组中目标基因拷贝数的方法，其特征在于，所述计算机程序进行比对的方法包括：先根据提交的参比差异序列算出所有差异位点，记录这些差异位点的具体碱基和在序列中的位置；然后根据这些位置信息在测序结果文件数据中找出这些位置上4种碱基的信号强度，并记录；统计所有差异位点上不同碱基的信号强度；对每个位点的信号强度进行均一化；统计每个序列所有差异位点的平均强度，各序列平均信号强度的比值代表了起始体系中各同源序列的数量比值。