[发明专利]跟踪核酸靶标来源以用于核酸测序的方法和试剂盒

权利要求书

1.一种通过条形码标记来跟踪核酸靶标来源的方法，所述方法包括：

a.提供上面固定有克隆条形码模板或半克隆条形码模板的固体载体，其中每个条形码模板包含中心条形码和至少一个侧接柄部序列；

b.提供多个核酸靶标；

c.使所述核酸靶标与所述固体载体附连；以及

d.将所述核酸靶标断裂成片段，其中每个片段与所述固体载体上的条形码模板附连。

2.权利要求1的方法，其中使所述核酸靶标与所述固体载体附连在不将总的多个核酸靶标内每个核酸靶标与另一个核酸靶标分区的情况下发生。

3.权利要求1的方法，其中所述固体载体选自珠粒、微粒、载片、平板、流动池以及其组合，并且其中当所述固体载体是物理上可分离的，如珠粒或微粒时，所述条形码模板被克隆或半克隆地固定到整个表面上，并且当所述固体载体是连续平坦表面，如载片、平板或流动池时，所述条形码模板作为可分离的克隆簇或半克隆簇被固定到所述表面上。

4.权利要求1的方法，所述方法还包括提供转座酶。

5.权利要求4的方法，其中所述转座酶选自野生型Tn转座酶、野生型Mu转座酶、野生型Ty转座酶和野生型Tc转座酶或它们的突变型或标记型以及其组合。

6.权利要求5的方法，其中所述转座酶是MuA转座酶或Tn5转座酶或其组合。

7.权利要求1的方法，所述方法还包括提供可转座的DNA，其中在与带条形码的固体载体附连之前，将所述核酸靶标与转座酶和所述可转座的DNA混合以形成核酸-转座体复合物。

8.权利要求7的方法，其中所述可转座的DNA含有转座子DNA部分，其中所述转座子DNA选自野生型Tn转座子DNA、野生型Mu转座子DNA、野生型Ty转座子DNA和野生型Tc转座子DNA或它们的突变型以及其组合。

9.权利要求8的方法，其中所述转座子DNA是Tn5转座子DNA或MuA转座子DNA或其组合。

10.权利要求7的方法，其中所述可转座的DNA可与固定的条形码模板附连并且包含：

a.可与所述条形码模板的3'末端连接的5'末端转座子连接链；以及

b.所述转座子互补链的与所述条形码模板的3'末端重叠的3'末端突出端；或

c.在一端与所述条形码模板的3'末端重叠并且在另一端与所述转座子连接链的5'末端重叠的接头寡核苷酸。

11.权利要求1的方法，其中使核酸靶标与所述条形码模板附连包括连接、杂交、交联、转座、引物延伸或扩增，其中所述转座包括转座酶催化反应，其中所述条形码模板含有转座酶结合区。

12.权利要求1的方法，其中使所述靶核酸与所述固体载体附连包括实现约1000:1至约0.01:1的所述核酸靶标与所述条形码模板的比率。

13.权利要求12的方法，其中所述比率是约100:1至约0.1:1。

14.权利要求13的方法，其中所述比率是约10:1至约1:1。

15.权利要求1的方法，其中所述断裂包括通过热、蛋白酶、和/或蛋白质变性剂进行处理，而不复制所述核酸靶标的任何部分。

16.权利要求1的方法，其中所述断裂包括用引物延伸反应、链置换反应或扩增反应复制所述核酸靶标的一部分。

17.权利要求1的方法，所述方法还包括通过化学切割或者经由引物延伸或PCR扩增进行拷贝来从所述固体载体释放条形码标记的核酸片段。