[发明专利]AKT-mTOR通路蛋白的检测和量化

说明书

本公开涉及质谱分析的领域。在一些实施方式中，本公开涉及用于通过免疫沉淀富集随后进行质谱分析来检测和量化AKT‑mTOR通路中蛋白质的组合物和方法。

本申请要求2016年3月14日提交的美国临时专利申请号62/308,051的优先权的权益，为了所有目的，其通过引用的方式整体并入本文中。

技术领域

本公开涉及通过免疫沉淀和质谱来检测和量化AKT-mTOR通路蛋白，包括磷酸化的蛋白的领域。

背景技术

AKT-mTOR通路在肿瘤进展和抗癌症药物抗性中起到核心作用。量化测量AKT-mTOR通路的蛋白表达和转译后修饰对于精确表征癌症、监测癌症进展，以及确定治疗反应是必要的。见Logue, J. S.；Morrison, D. K.；《基因与发展（Genes Dev.）》2012年4月1日，26（7）, 641–50。

检测和量化AKT-mTOR通路蛋白的主要限制是缺少严格验证的方法和试剂。目前，仅可使用来自蛋白质印迹、ELISA以及Luminex试验的半定量结果。质谱（MS）逐渐成为被选择用来分析蛋白质丰度和转译后修饰的检测方法。但是，迄今为止，MS还未成功量化AKT-mTOR通路蛋白，可能是由于它们的低丰度和大量的转译后修饰特性。

免疫沉淀（IP）是通常在MS的上游用作低丰度蛋白质靶的富集工具。见，Gingras等人，《自然综述：分子细胞生物学（Nat. Rev. Mol. Cell. Biol.》，2007年8月，8 （8），645–54；和Carr，S. A．等人，《分子与细胞蛋白质组学（Mol. Cell. Proteomics）》，2014年3月，13 （3），907–17。鉴定用于MS上游的IP的适当抗体很重要，因为并不是所有结合蛋白质的抗体都是有效的免疫沉淀工具，而且，并不是所有作为有效的免疫沉淀工具的抗体都能通过MS成功鉴定。

发明内容

本公开提供了用于通过免疫沉淀（IP）、质谱（MS）以及免疫沉淀随后质谱（IP-MS）来检测和量化AKT-mTOR通路蛋白的试剂和方法。

在一些实施方式中，提供了用于免疫沉淀AKT-mTOR通路蛋白（靶蛋白）的方法，其包括使生物样品接触表1中列举的任何一种抗体。在一些实施方式中，用于IP方法的抗体包括表8中列举的抗体。在一些实施方式中，用于IP方法的抗体包括表9中列举的抗体。方法可包括冲洗接触的生物样品，以富集抗体-蛋白质缀合物。进一步，方法包括检测抗体-蛋白质缀合物（免疫沉淀的靶蛋白质），以确定生物样品中的AKT-mTOR通路蛋白。在一些实施方式中，抗体是标记的。在一些实施方式中，为富集的抗体-蛋白质缀合物提供检测试剂。在一些实施方式中，标记为生物素并且检测试剂为链霉亲合素。

在一些实施方式中，IP为单重的。在一些实施方式中，IP为多重的。用于多重的IP的抗体可包括表8和表9的抗体。

在一些实施方式中，提供了用于经MS检测AKT-mTOR通路蛋白的方法，其包括从生物样品分离蛋白质，分解分离的蛋白质，经质谱分析分解的蛋白质以确定存在用于AKT-mTOR通路蛋白的肽，以及确定样品中一种或多种AKT-mTOR通路蛋白的身份。在一些实施方式中，用于AKT-mTOR通路蛋白的肽包括SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 424的序列。在一些实施方式中，肽的长度小于40个氨基酸。在一些实施方式中，用于AKT-mTOR通路蛋白的肽由SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 424的序列组成。SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 212的肽可为标记的。在一些实施方式中，SEQ ID NO: 1 - SEQ ID NO: 212上的标记不同于SEQ ID NO:213 - SEQ ID NO: 424的肽上显示的标记。