[发明专利]用于评估患结直肠癌风险的方法

说明书

本公开涉及用于评估人类受试者患结直肠癌的风险的方法和系统。这些方法可以与受试者临床风险相结合以改善风险分析。这些方法可用于辅助做出关于适当的结直肠癌筛查方案的决策。

技术领域

本公开涉及用于评估人类受试者患结直肠癌的风险的方法和系统。这些方法可以与受试者临床风险相结合以改善风险分析。这些方法可用于辅助做出关于适当的结直肠癌筛查方案的决策。

背景技术

结直肠癌筛查项目主张对表面健康人群中的个体进行测试，以鉴定患有恶变前或早期阶段结直肠癌的个体，以便他们可以受益于预防或早期治疗。筛查测试可包括粪便潜血试验和结肠镜检查。在平均风险人群中，基于粪便潜血试验的筛查使结直肠死亡率降低了15％至25％(Hewitson等人，2007)。内镜筛查可将死亡率降低30％至40％(Brenner等人，2014)。

筛查大量人口可能代价高昂。理想情况下，决定谁应该接受筛查以及筛查的程序和强度应该基于个体的结直肠癌风险。然而，由于目前没有确切的或有效的方法来确定疾病的个体风险，因此有针对性的筛查仅基于年龄、性别以及有时家族史的非常泛泛的风险因素。这使得筛查项目效率低下，因为许多进行筛查的个体永远不会患结直肠癌，而许多未进行筛查的个体具有患该疾病的实质性风险(Ait Ouakrim等人，2012)。

遗传风险评估可以提高筛查项目的效率。然而，遗传性结直肠癌的遗传易感性是复杂的并且涉及多种变体和基因。

为了提高筛查效率和降低结直肠癌死亡率，需要改进的方法来评估人类受试者患结直肠癌的风险。

发明内容

本发明人鉴定了基因组内可用于评估受试者患结直肠癌风险的SNP。

因此，在一方面，本公开涉及一种用于评估人类受试者患结直肠癌风险的方法，所述方法包括：

进行受试者的遗传风险评估，其中所述遗传风险评估涉及在源自受试者的生物样品中检测选自表1的至少28个单核苷酸多态性，或与其一种或多种连锁不平衡的单核苷酸多态性的存在。

对于具体的风险评估，一些单核苷酸多态性比其他单核苷酸多态性提供更有用的信息(informative)。因此，在一个实施方案中，遗传风险评估至少包括检测单核苷酸多态性rs3987、rs35509282和rs744166，或与其一种或多种连锁不平衡的单核苷酸多态性的存在。

在一个实施方案中，遗传风险评估包括检测选自表1的超过28个单核苷酸多态性，或与其一种或多种连锁不平衡的单核苷酸多态性。例如，可以检测至少29，至少30，至少31，至少32，至少33，至少34，至少35，至少36，至少37，至少38，至少39，至少40，至少41，至少42，至少43，至少44个单核苷酸多态性。在另一个实施方案中，检测至少45个单核苷酸多态性。

在另一个实施方案中，遗传风险评估包括检测单核苷酸多态性rs5934683，或与其连锁不平衡的单核苷酸多态性的存在。

在另一个实施方案中，遗传风险评估与临床风险评估相结合，以获得人类受试者患结直肠癌的风险。在一个实例中，临床风险评估涉及从受试者获得关于以下一方面或多方面的信息：结直肠癌的病史、年龄、结直肠癌的家族史、先前结肠镜检查或乙状结肠镜检查筛查的结果和种族/族群。在另一个实例中，临床风险评估涉及从受试者获得关于年龄和/或一级亲属的结直肠癌史的信息。在一个实施方案中，结直肠癌的家族史包括多代家族史。

本领域技术人员将理解，综合的临床风险评估和遗传风险评估定义了受试者患结肠癌的总体风险。因此，本发明的方法可用于评估总体风险。

在一个实施方案中，本公开的方法确定了人类女性受试者患结肠癌的绝对风险。

在另一个实施方案中，本公开的方法确定了人类女性受试者患结肠癌的相对风险。