[发明专利]DNA序列的靶标特异性RNA转录方法

权利要求书

1.一种确定与感兴趣的核酸序列相邻的核酸序列的方法，其包括：(a)将包含靶向序列和启动子的靶向核酸序列插入所述感兴趣的核酸序列中的一个或多个特定位置，(b)指导从所述启动子合成核酸，以及(c)对所合成的核酸进行测序。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶向序列包含成簇的规律间隔的短回文重复(CRISPR)序列、锌指核酸酶(ZFN)序列和转录激活因子样效应物核酸酶(TALEN)序列中的至少一种。

3.根据权利要求2所述的组合物，其中所述CRISPR序列包含具有包含SEQ ID NO:3的序列的指导RNA。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述启动子包含细菌启动子、病毒启动子和真核启动子中的至少一种。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述细菌启动子包含araBAD、trp、lac和Ptac中的至少一种。

6.根据权利要求4所述的方法，其中所述病毒启动子包含T7、T7lac、SP6、pL、CMV、SV40和CaMV35S中的至少一种。

7.根据权利要求4所述的方法，其中真核启动子包含EF1a、PGK1、Ubc、β肌动蛋白、CAG、TRE、UAS、Ac5、多角体蛋白、CaMKIIa、GAL1、GAL10、TEF1、GDS、ADH1、Ubi、H1和U6中的至少一种。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含低复杂性核酸序列。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含重复核酸序列。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含三核苷酸重复序列、串联重复序列和人白细胞抗原基因中的至少一种。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含可动遗传元件。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述可动遗传元件包含转座子、反转录转座子、DNA转座子、插入序列、质粒、噬菌体、II组内含子、I组内含子、Alu元件、MIR元件、内质网池内A粒子(IAP)、ETn、病毒或其片段。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述反转录转座子包含转座因子、LINE、SINE及其片段中的至少一种。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述LINE包含SEQ ID NO:1。

15.根据权利要求12所述的方法，其中所述病毒包含逆转录病毒及其片段中的至少一种。

16.根据权利要求1所述的方法，其中核酸合成包括RNA转录和DNA合成中的至少一种。

17.根据权利要求16所述的方法，其中RNA转录包括使用RNA聚合酶。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述RNA聚合酶包含T7RNA聚合酶、T3RNA聚合酶、SP6RNA聚合酶、RNA聚合酶I、RNA聚合酶II、RNA聚合酶III、RNA聚合酶IV、RNA聚合酶V和单亚基RNA聚合酶中的至少一种。

19.根据权利要求1所述的方法，其中DNA合成包括使用DNA聚合酶。