[发明专利]经标记的核苷酸组合物及用于核酸测序的方法

说明书

本发明提供基于发光寿命和/或强度对分子进行测序的方法。在一些方面中，核酸测序方法涉及测定在核酸测序反应期间并入的一系列经发光标记的核苷酸的发光寿命及任选的发光强度。在一些方面中，本发明提供包含经发光标记的核苷酸的组合物。

【相关申请】

根据35 U.S.C.§119(e)，本申请要求2016年11月23日提交的美国临时申请62/426,144和2016年5月20日提交的美国临时申请62/339,790的优先权，其通过引用整体并入本文。

【技术领域】

本申请整体涉及用于进行生物学及/或化学样品的快速的大规模并行定量分析的方法、组合物及装置；及制造该装置的方法。

【背景技术】

生物样品的检测及分析可使用生物学分析(“生物分析”)。生物分析通常涉及昂贵的大型实验室设备，该设备需要经培训的研究科学家操作并进行生物分析。此外，生物分析通常以大量进行，因此大量特定类型的样品为检测及定量所必需的。

藉由用发射特定波长的光的发光标记物标记样品来进行一些生物分析。用光源照明标记物以使得发光，且用光检测器检测发光光源以对标记物发射的发光光源的量进行定量。使用发光标记物的生物分析通常涉及昂贵的雷射光源以照射样品和复杂的发光检测光学装置及电子装置以自照明的样品采集发光。

【发明内容】

在其他方面中，本发明提供一种经发光标记的核苷酸，其包含一或多个经由核酸连接至一或多个多磷酸核苷的发光标记，其中该核酸包含保护组件。在一些实施例中，保护组件涉及核酸的一或多个特征和/或修饰，其当所述一或多个多磷酸核苷的多磷酸核苷在聚合酶的活性位点中或附近时，保护聚合酶免受一或多个发光标记的损伤作用。

在一些实施例中，核酸为单链的。在一些实施例中，核酸为双链的。在一些实施例中，本发明的双链核酸包含：第一寡核苷酸链，其包含连接在沿着第一寡核苷酸链的任一侧面上具有一或多个核苷酸的内部位置处的一或多个发光标记；及第二寡核苷酸链，其包含一或多个多磷酸核苷，其中该第二寡核苷酸链退火至第一寡核苷酸链。

在一些实施例中，本发明的经发光标记的核苷酸包含两种或更多个经由包含多个胸苷核苷酸的连接子连接至核酸的多磷酸核苷。在一些实施例中，连接子包含支链连接子，例如支链胸苷连接子。在一些实施例中，支链连接子包含支链胸苷连接子。举例而言，在一些实施例中，各核苷多磷酸包含式Nu-T(T)_nT-R的胸苷连接子，其中Nu代表多磷酸核苷，T代表胸苷核苷酸，n为1与30间的值的整数，且R代表连接一或多个额外多磷酸核苷的汇合点。在一些实施例中，汇合点进一步直接连接至核酸的寡核苷酸链。在一些实施例中，汇合点例如经由其他胸苷连接子和/或其他汇合点进一步间接连接至寡核苷酸链。

在一些实施例中，核酸的保护组件包含至少一种能量吸收修饰。在一些实施例中，至少一种能量吸收修饰包含三重态淬灭剂。在一些实施例中，至少一种能量吸收修饰包含树枝状修饰。在一些实施例中，至少一种能量吸收修饰包含单糖-TEG、双糖、N-乙酰基单糖、TEMPO-TEG、trolox-TEG或甘油树状体。在一些实施例中，保护组件包含一或多个茎-环。在一些实施例中，一或多个茎-环为未标记的，例如一或多个茎-环并不包含连接在茎-环的环和/或茎的发光标记。在一些实施例中，一或多个茎-环在一或多个发光标记与一或多个多磷酸核苷之间的核酸上的位置中。在此类实施例中，一或多个未标记茎-环可提供产生聚合酶保护作用的立体阻挡物和/或吸收阻挡物。

在一些实施例中，一或多个发光标记可连接在至少一或多个茎-环的环。然而，在一些实施例中，保护组件(例如一或多个未标记的茎-环)将一或多个发光标记与一或多个多磷酸核苷分离。