[发明专利]用于连接细胞组成物和基质的方法

说明书

本发明涉及共价连接细胞内染色体与基质的方法，其包括修饰染色体内多个核苷酸以包含基质连接部分，其中所述染色体接触基质，并将多个核苷酸的基质连接部分和基质连接，从而将染色体连接于基质。

相关申请数据

本申请要求于2016年4月22日提交的美国临时申请62/326,266号的优先权，其通过引用纳入本文用于所有目的。

政府权益的声明

本发明在国立卫生研究院(National Institutes of Health)授予的RO1GM085169和国立卫生研究院授予的5DP1GM106412的政府资助下完成。政府对本发明拥有一定的权利。

技术领域

本发明通常涉及细胞组成物与细胞内基质的连接。

背景技术

荧光原位杂交(FISH)是一种强大的技术，其中，核酸通过荧光标记的探针被靶向，然后通过显微镜检测显示。FISH是一种单细胞试验，这使其特别适用于检测可能在混合或异步细胞群中丢失的罕见事件。此外，因为FISH用于固定细胞或组织样品，其可以揭示染色体相对于核、细胞质甚至组织结构的位置，特别是当与细胞组分的免疫荧光靶向一起施用时。FISH还可以用于显示RNA，使研究人员能够同时评估基因表达、染色体位置和蛋白质定位。

发明内容

本公开提供了将细胞组成物与导入细胞中的基质连接的方法。本公开提供了共价连接细胞内染色体与基质的方法，其包括修饰染色体内多个核苷酸以包含基质连接部分，其中所述染色体接触基质，并将多个核苷酸的基质连接部分和基质连接，从而将染色体与基质连接。本公开提供了细胞中染色体结构建模的方法，其包括将多个寡核苷酸与染色体杂交，其中染色体在细胞内接触基质，并且将多个寡核苷酸与基质连接，其中连接基质的多个寡核苷酸代表细胞中染色体的结构。多个寡核苷酸可以是如本文所述的寡涂针(oligopaint)。

附图说明

本专利或申请文件包含至少一幅有色附图。本专利或专利申请公开与彩色附图的副本将根据要求，在支付所需的费用之后由政府机关提供。结合附图，通过以下示例性实施方式的详述能够更清楚地理解本发明实施方式的上述和其他特征和其他优点，其中：

图1是描述切割核酸和向游离末端核苷酸添加基质连接部分的示意图。

图2是具有可膨胀基质已进行原位基因组测序的细胞图像。用靶向各染色体300Kb-1Mb独特区域的寡涂针以各区域3750个寡涂针(约8探针/Kb)对IMR90细胞进行染色。细胞在ExM凝胶中膨胀约4.5倍。寡涂针环化，然后进行滚环扩增，并进行1轮系连测序(sequencing by ligation)。各种颜色表示1碱基的SoliD测序。比例尺＝10微米。

图3A-E涉及证明Acrydite修饰的寡涂针能够将寡涂针栓系(tether)于ExM凝胶基质的实验。图3A是描述以Acrydite修饰的寡涂针的示意图。Acrydite(黄色梯形)被掺入各寡涂针的5'端。寡涂针藉由荧光团标记的二级寡核苷酸与主道(Mainstreet)(互补核酸序列上游的非基因组序列)结合来显示。图3B-3E描述了在ExM凝胶中用约20,000个寡涂针(绿色)染色的PGP1F细胞，所述寡涂针靶向染色体19的q臂上2.1Mb区域(9.2探针/Kb)。未修饰的寡涂针如图3B-3C所示。Acrydite修饰的寡涂针如图3B-3E所示。在通过70％甲酰胺于73℃处理以去除寡涂针后，Acrydite修饰的寡涂针与膨胀(Expansion)凝胶保持连接。比例尺＝10微米。

具体实施方式