[发明专利]核酸反应及相关方法和组合物

权利要求书

1.一种检测样品中靶核酸分析物的存在或不存在的方法，所述方法包括：

a)对所述样品进行扩增反应；

b)测量在所述扩增反应期间生成的信号并由所测量的信号生成动力学特征；以及

c)将所生成的动力学特征与参考特征进行比较，并确定所述生成的动力学特征是否对应于所述参考特征，从而检测所述样品中靶核酸分析物的存在或不存在。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述动力学特征包括选自电磁信号、波长和荧光发射信号的信号。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述动力学特征被绘制为曲线。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述参考特征对应于通过在一组受限扩增参数的一个或多个成员下扩增所述靶核酸分析物而生成的动力学特征，该组受限扩增参数包括以下参数的任何组合：(i)正向和/或反向引物浓度的范围；(ii)聚合酶浓度的范围；(iii)聚合酶类型；(iv)核苷酸浓度的范围；(v)发色团浓度；和(vi)发色团类型；(vii)热循环数；(viii)热循环速率；(ix)一种或多种热循环阶段温度；和(x)一种或多种热循环阶段时间长度；(xi)靶标特异性分子探针的范围；(xii)与一种或多种靶标特异性探针相关的引物；以及(xiii)一种或多种酶辅因子的浓度。

5.如权利要求4所述的方法，其中所述扩增反应在一个或多个所述受限扩增参数内进行。

6.如权利要求3所述的方法，其中所述曲线的指数区域、线性区域和平台区域中的至少一个在至少4个热循环或至少8个热循环内发生。

7.一种检测样品中多种靶核酸分析物中的每一种的存在或不存在的方法，所述方法包括：

a)将引物组添加至所述样品，所述引物组包含至少两个引物对，所述引物对中的至少一对包含限制性引物，并且每个引物对限定一种待扩增的所述靶核酸分析物的区域；

b)对所述样品进行扩增反应；

c)测量在所述扩增反应期间生成的信号；以及

d)基于所测量的信号确定所述多种靶核酸分析物中的每一种是否存在。

8.如权利要求7所述的方法，其中步骤c)进一步包括由所测量的信号生成动力学特征的步骤，并且其中步骤d)进一步包括以下步骤

将所述动力学特征与参考特征进行比较，所述参考特征对应于通过用所述引物组扩增所述多种靶核酸分析物中的一种或多种而生成的动力学特征，从而进行确定。

9.如权利要求7所述的方法，其中所述引物组包含一种正向引物和两种反向引物或者两种正向引物和一种反向引物。

10.如权利要求7所述的方法，其中所述引物组包含两种或更多种巢式引物。

11.如权利要求7所述的方法，其中通过激发与扩增产物结合的分子来生成所述信号。

12.如权利要求7所述的方法，其中

(A)所述引物组包含第一和第二引物对，所述第一引物对具有第一退火温度且所述第二引物对具有低于所述第一退火温度的第二退火温度，并且所述第一引物对限定一种所述靶核酸分析物的区域，所述第二引物对限定另一种所述核酸分析物的区域；

并且其中

(B)所述扩增反应包括一组温度循环的热循环，该组温度循环包含具有(i)不高于所述第一退火温度且(ii)高于所述第二退火温度的最低温度的至少一个温度循环，所述反应进一步包含具有不高于所述第二退火温度的最低温度的至少一个其他温度循环。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述扩增反应包含具有不高于所述第一退火温度且高于所述第二退火温度的最低温度的至少一个温度循环，随后是具有不高于所述第二退火温度的最低温度的至少一个温度循环。