[发明专利]用于组表征的方法和系统

说明书

用于表征病症组的系统和方法的实施方案能包括分类数据库，其中该病症组与有微生物有关的分类单位集合相关，所述分类数据库包括针对与所述病症组相关的分类单位集合的参考微生物特征；处理，其能够操作以从用户收集包括生物材料的容器，处理系统包括能够操作以确定微生物序列数据集的测序仪系统；和组表征系统，其能够操作以：基于所述微生物序列数据集确定针对用户所述分类单位集合的用户微生物群系特征，生成所述用户微生物群系特征与所述参考微生物群系特征之间的比较，并基于所述比较确定用户病症组的组表征；以及治疗系统，其能够操作以基于所述组表征来促进针对所述病症组的病症的治疗。

相关申请的交叉引用

本申请是于2017年5月26日提交的美国申请序列号15/606,743(其是2015年10月21日提交的序列号为14/919,614的美国申请的接续)的部分接续申请，其要求于2014年10月21日提交的序列号为62/066,369的美国临时申请、于2014年12月04日提交的序列号为62/087,551的美国临时申请、于2014年12月17日提交的序列号为62/092,999的美国临时申请、于2015年4月14日提交的序列号62/147,376的美国临时申请、于2015年4月14日提交的序列号为62/147,212的美国临时申请、于2015年4月14日提交的序列号为62/147,362的美国临时申请、于2015年4月13日提交的序列号为62/146,855的美国临时申请以及于2015年8月18日提交的序列号为62/206,654的美国临时申请的权益，这些申请各自通过引用整体并入本文。本申请还要求于2017年9月16日提交的美国临时申请序列号62/395,939，2017年6月15日提交的美国临时申请序列号62/520,058，和2017年6月27日提交的美国临时申请序列号62/525,379的权益，这些申请各自通过引用整体并入本文。

技术领域

本发明总体上涉及微生物学领域，并更具体地涉及微生物学领域中用于表征病症组的新的且有用的方法和系统。

附图说明

图1A-1B是用于表征病症组的方法的实施方案的变型的流程图表示；

图2是用于表征病症组的方法的实施方案的变型的流程图表示；

图3是系统的实施方案的示意图表示；

图4是方法的实施方案的变型的示意图表示；

图5是用于表征病症组的方法的变型中的过程的示意图表示；

图6是用于确定目标分类单位的优化参数的实例的图表表示；

图7是表征过程的验证的实例的图形表示；

图8是健康参考相对丰度范围的实例的图表表示；

图9A-9B是目标分类单位的实例；

图10是选择用于表征的益生菌的实例；

图11-12是益生菌和相关分类单位组的实例；

图13A-13B是与益生菌有关的分类单位组关联的相对丰度的实例；和

图14-15是界面的实例。

具体实施方式

以下对本发明实施方案的描述无意于将本发明限于这些实施方案，而是旨在使本领域技术人员能够进行和使用本发明。

1、概述