[发明专利]制备双标签DNA库用于亚硫酸盐转化定序的方法

权利要求书

1.一种测定一生物样品的一甲基化图谱的方法，其特征在于：所述方法包括步骤：

a)获得所述生物样品；

b)在所述生物样品的核酸分子中将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，以产生转化的核酸分子，其中，所述转化的核酸分子为单链的；

c)将包含独特分子识别物序列的单链的核酸连接物通过所述独特分子识别物序列连接到所述转化的核酸分子上，以创建标记的转化的核酸分子；

d)确定所述转化的核酸分子的核酸序列；以及

e)将所述转化的核酸分子的所述核酸序列与参考核酸序列进行比较，以确定所述生物样品的所述甲基化图谱。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述生物样品包括血液、血清、血浆、尿液、脑脊髓液或淋巴液。

3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述方法进一步包括：扩增所述转化的核酸分子，其中与非目标分子相比，所述扩增增加一个或多个目标分子的量。

4.如权利要求1至3任一项所述的方法，其特征在于：将所述未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶的步骤进一步包括：与亚硫酸氢盐离子一起培养。

5.如权利要求1至3任一项所述的方法，其特征在于：将所述未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶的步骤进一步包括：与胞苷脱氨酶一起培养。

6.如权利要求1至5任一项所述的方法，其特征在于：所述核酸分子是DNA。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于：所述DNA是游离DNA(cfDNA)。

8.如权利要求1至7任一项所述的方法，其特征在于：所述核酸连接物包含一通用引发位点。

9.如权利要求1至8任一项所述的方法，其特征在于：所述核酸连接物附着于一固体支撑物。

10.如权利要求9所述的方法，其特征在于：所述固体支撑物为一颗粒。

11.如权利要求1至10任一项所述的方法，其特征在于：所述方法进一步包括：对所述转化的核酸分子、未转化的核酸分子或两者进行引物延伸。

12.如权利要求11所述的方法，其特征在于：所述方法进一步包括：将第二核酸连接物连接到所述转化的核酸分子的第二末端。

13.如权利要求12所述的方法，其特征在于：将所述第二核酸连接物连接到所述转化的核酸分子的第二末端的步骤是在所述转化的核酸分子的5'端和最接近所述转化的核酸分子的5'端的一第三连接物的3'端之间产生一缺口。

14.如权利要求1至13任一项所述的方法，其特征在于：所述方法进一步包括：在确定所述核酸序列之前扩增所述转化的核酸分子。

15.如权利要求14所述的方法，其特征在于：所述扩增包括聚合酶连锁反应。

16.如权利要求14或15所述的方法，其特征在于：所述扩增使得所述转化的核酸分子、所述未转化的核酸分子或两者增加了测序接头。

17.如权利要求1至16任一项所述的方法，其特征在于：所述确定核酸序列的步骤包括二代测序。

18.如权利要求17所述的方法，其特征在于：确定所述核酸序列的步骤包括测序到至少10,000x的测序深度。

19.如权利要求1至18任一项所述的方法，其特征在于：所述甲基化图谱用于确定游离DNA的组织或来源。