[发明专利]从头组装条码化的基因组DNA片段的方法在审
申请号: | 201780062510.3 | 申请日: | 2017-08-09 |
公开(公告)号: | CN109804068A | 公开(公告)日: | 2019-05-24 |
发明(设计)人: | X·S·谢;邢栋;张棋涵 | 申请(专利权)人: | 哈佛学院董事及会员团体 |
主分类号: | C12N15/10 | 分类号: | C12N15/10;C12Q1/6806;C40B40/08;C40B50/18 |
代理公司: | 上海专利商标事务所有限公司 31100 | 代理人: | 余颖;陈扬扬 |
地址: | 美国马*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 条码化 组装 基因组DNA片段 基因组DNA | ||
1.一种制造转座体文库的方法,其包括:
将多个转座子DNA与多个微粒中的各微粒连接,其中连接单个微粒的所有转座子DNA包括与所述单个微粒相关的共同独特条码序列,从而使所述多个微粒中的各微粒具有独特的相关条码序列,
将具有与之连接的转座子DNA的所述多个微粒与转座酶和切割酶合并以形成水性混合物,
将所述水性混合物与油相合并,从而形成多个微滴,其中所述多个微粒中的各微粒在相应的单个微滴中与所述转座酶和所述切割酶一起分离,
对于各相应的单个微滴,从所述相应的单个微滴内的微粒切割所述多个转座子DNA,并在所述微滴内形成多个转座体,并且所述微滴内的各转座体具有含有所述共同独特条码序列的2个转座子DNA,
裂解所述多个微滴中的各微滴,和
收集所述转座体以产生所述转座体文库。
2.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于1,000个转座体。
3.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于10,000个转座体。
4.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于100,000个转座体。
5.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于1,000,000个转座体。
6.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于2,000,000个转座体。
7.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于3,000,000个转座体。
8.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于4,000,000个转座体。
9.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于5,000,000个转座体。
10.如权利要求1所述的方法,其中所述转座体文库包括大于10,000,000个转座体。
11.如权利要求1所述的方法,其还包括提取一部分所述转座体文库以形成试剂转座体文库,其中所述试剂转座体文库的各转座体具有独特的相关条码序列。
12.如权利要求1所述的方法,其还包括提取一部分所述转座体文库以形成试剂转座体文库,其中所述试剂转座体文库内基本上所有的转座体具有独特的相关条码序列。
13.如权利要求1所述的方法,其中各转座子DNA包含特异性引物结合位点和双链转座酶结合位点。
14.如权利要求1所述的方法,其中所述转座子DNA包含双链转座酶结合位点和突出端,其中所述突出端包含位于所述突出端5'末端的引物结合位点和条码序列。
15.如权利要求1所述的方法,其中各转座子DNA通过接头和切割位点与相应的微粒连接。
16.如权利要求1所述的方法,其中各转座子DNA包括5'突出端并且在其相应的5'末端通过接头和切割位点与相应的微粒连接。
17.如权利要求1所述的方法,其中所述转座酶是Tn5转座酶、Mu转座酶、Tn7转座酶或IS5转座酶。
18.如权利要求1所述的方法,其中油相包含表面活性剂。
19.如权利要求1所述的方法,其中所述油相内的所述多个微滴通过将所述水性混合物与所述油相以产生比存在的微粒更多的微滴的方式合并产生。
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