[发明专利]用于检测或定量丙型肝炎病毒的组合物和方法

说明书

本公开提供了用于检测和定量丙型肝炎病毒(HCV)，包括其不同的基因型和变体的寡聚物、组合物和试剂盒，以及相关的方法和用途。在一些实施例中，寡聚物靶向HCV的5'非翻译区并且配置成提供HCV的不同基因型和变体的基本等同的定量。

相关申请的交叉引用

本申请要求2016年10月19日提交的美国临时申请号62/410,188的权益，其内容特此以引用的方式并入本文中。

导论

本公开涉及可用于检测和定量丙型肝炎病毒核酸的组合物、试剂盒和方法。

发明内容

丙型肝炎病毒(HCV)可引起急性和慢性疾病，感染的个体有肝硬化和癌症的风险。根据2016年7月世界卫生组织丙型肝炎情况说明书，据估计，全世界大约有1.3亿至1.5亿人被感染，每年约有70万人死于丙型肝炎相关性肝病。HCV的传播可以通过血液病毒的典型途径发生，包括输血和使用受污染的针头或医疗设备。还知道有性传播和母婴传播。

HCV是正义单链RNA(ssRNA)病毒。它的分布遍布全球，已知有七种基因型和多种亚型。抗病毒治疗可以有效对抗HCV，但是基于核酸的可靠和灵敏的检测和定量由于不同基因型之间显著的遗传异质性而变得复杂。参见例如Ohno O，Mizokami M，Wu RR，Saleh MG，Ohba K，Orito E，Mukaide M，Williams R，Lau JY，等人(1997)，“允许鉴定HCV基因型1a、1b、2a、2b、3a、3b、4、5a和6a的新型丙型肝炎病毒(HCV)基因分型系统(New hepatitis Cvirus(HCV)genotyping system that allows for identification of HCV genotypes1a，1b，2a，2b，3a，3b，4，5a，and 6a)，”《临床微生物学杂志(J Clin Microbiol.)》35(1)：201-7，PMCID：PMC229539。定量可以是有用的，例如，在抗病毒治疗之前、期间或之后监测病毒载量，或评估感染的严重程度。

因此，无论基因型如何，都需要对HCV进行灵敏的检测和定量。本文提供了组合物、试剂盒和方法以满足该需要，提供其它益处，或至少为公众提供有用的选择。

在一些实施例中，提供了包含至少第一和第二扩增寡聚物的组合物或试剂盒，其中：第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：2的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO：2的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：3的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO：3的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第一和第二扩增寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸。在一些实施例中，组合物或试剂盒还包含第三扩增寡聚物，其中第三扩增寡聚物包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，并配置成与HCV基因组位置78的下游特异性杂交。

在一些实施例中，提供了检测样品中的丙型肝炎病毒核酸的方法，其包含：使样品与至少第一、第二和第三扩增寡聚物接触，从而形成组合物，在组合物中进行核酸扩增反应，其在丙型肝炎病毒核酸存在下产生一种或多种扩增子，并检测扩增子，其中：第一扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：2的至少10个连续核苷酸并包括SEQ ID NO：2的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第二扩增寡聚物包含含有SEQ ID NO：3的至少10个连续核苷酸并包括SEQID NO：3的位置5、7、12和15中的至少一个的靶杂交序列；第三扩增寡聚物包含反义丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸，并配置成与HCV基因组位置78的下游特异性杂交；

第一和第二扩增寡聚物的靶杂交序列各自包含丙型肝炎病毒序列的至少约14个连续核苷酸；和

通过在丙型肝炎病毒核酸存在下延伸第一和第三扩增寡聚物或第二和第三扩增寡聚物产生一种或多种扩增子。