[发明专利]从肿瘤样品中检测突变负荷的方法

权利要求书

1.一种分析肿瘤样品基因组的突变负荷的方法，其包含：

用来自肿瘤样品的具有低样品输入要求的靶向组选择性扩增肿瘤样品基因组中的靶向位置的核酸序列，以产生多个核酸序列读数；

检测多个核酸序列读数中的变体以产生多个检测到的变体，其中所述核酸序列读数对应于所述肿瘤样品基因组中的多个靶向位置，其中所述检测到的变体包括体细胞变体和种系变体；

用来自一个或多个群体数据库的注释信息注释所述多个检测到的变体中的一个或多个检测到的变体，其中所述群体数据库包括与群体中变体相关的信息，其中所述注释信息包括与给定变体相关的次要等位基因频率；

过滤所述多个检测到的变体，其中所述过滤将规则集施加到所述检测到的变体以保留所述体细胞变体，所述规则集包括保留检测到的次要等位基因频率在次要等位基因频率范围内的所述变体，其中所述过滤产生所识别的体细胞变体；

计数所述所识别的体细胞变体，以得到体细胞变体的数量；

确定所述肿瘤样品基因组中所述靶向位置的覆盖区域中的碱基的数量；和

通过将所识别的体细胞变体的数量除以所述覆盖区域中的碱基的数量来计算每兆碱基的体细胞变体的数量，以产生所述肿瘤样品基因组的所述突变负荷。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述次要等位基因频率范围是0到10^-6。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述群体数据库包括1000个基因组数据库、5000个外显子组数据库和外显子组聚集联合体数据库中的一个或多个。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述规则集还包含保留所述检测到的变体，其中所述检测到的变体是单核苷酸变体。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述规则集还包含保留所述检测到的变体、核苷酸插入和核苷酸缺失,其中所述检测到的变体是单核苷酸变体。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述规则集还包含去除所述检测到的变体，所述检测到的变体是与UCSC公共SNP数据库中的单核苷酸多态性相对应的单核苷酸变体。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述规则集还包含在均聚物长度大于七的区域中去除所述检测到的变体。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测变体由变体调用者参数配置，所述变体调用者参数包括最小等位基因频率参数、链偏移参数和数据质量严格性参数，其中链偏移参数是设定的正向和反向测序中变体读数相对比例的最大水平，数据质量严格性参数设定进行变体调用所需的读数质量的阈值。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述最小等位基因频率参数在0.001到0.15范围内，所述链偏移参数在0.54到0.95范围内，并且所述数据质量严格性参数在5到25范围内。

10.根据权利要求1所述的方法，其还包含使体细胞突变损伤的来源与所述所识别的体细胞变体相关联。