[发明专利]从肿瘤样品中检测突变负荷的方法

说明书

可以处理一种对仅肿瘤样品具有低样品输入要求的靶向组以估计肿瘤样品中的突变负荷。所述方法包括检测对应于所述肿瘤样品基因组中的靶向位置的核酸序列读数中的变体；用来自群体数据库的注释信息注释检测到的变体；过滤所述检测到的变体，其中所述过滤规则集保留所述体细胞变体并去除种系变体；对所述所识别的体细胞变体进行计数，以得到体细胞变体的数量；确定所述肿瘤样品基因组中所述靶向位置的覆盖区域中的碱基的数量；和计算每兆碱基的体细胞变体的数量，提供所述肿瘤样品基因组中每兆碱基的所述突变负荷的估计值。

交叉参考

本申请要求2016年12月8日提交的美国临时申请第62/431,493号；2017年10月31日提交的美国临时申请第62/579,645号；2017年11月14日提交的美国临时申请第62/585,598号在35U.S.C.§119(e)下的权益。上述申请的全部内容以引用的方式并入本文中。

发明内容

高肿瘤突变负荷是一种生物标志物，其在一些癌症类型中显示出预测对免疫检查点抑制剂的阳性反应。目前估计肿瘤突变负荷的方法可能需要大量的DNA来支持全外显子组测序和匹配的肿瘤和正常样品。来自肿瘤样品的具有低样品输入要求的靶向组可用于估计肿瘤样品基因组中的突变负荷。

根据示例性实施例，提供了分析肿瘤样品基因组的突变负荷的方法，包括以下步骤：(1)检测多个核酸序列读数中的变体以产生多个检测到的变体，其中核酸序列读数对应于肿瘤样品基因组中的多个靶向位置，其中检测到的变体包括体细胞变体和种系变体；(2)用来自一个或多个群体数据库的注释信息注释多个检测到的变体的一个或多个检测到的变体，其中群体数据库包括与群体中变体相关的信息，其中注释信息包括与给定变体相关的次要等位基因频率；(3)过滤多个检测到的变体，其中过滤将规则集施加到检测到的变体以保留体细胞变体，所述规则集包括保留其次要等位基因频率(MAF)在MAF范围内的检测到的变体，其中过滤产生所识别的体细胞变体；(4)计数所识别的体细胞变体以得到体细胞变体的数量；(5)确定肿瘤样品基因组中靶向位置的覆盖区域中的碱基的数量；和(6)通过将所识别的体细胞变体的数量除以覆盖区域中的碱基的数量来计算每兆碱基的体细胞变体的数量，以产生肿瘤样品基因组的突变负荷。

根据示例性实施例，提供了一种用于分析肿瘤样品基因组的突变负荷的系统，其包含处理器和与所述处理器通信连接的数据存储器，所述处理器配置成进行包括以下步骤：检测多个核酸序列读数中的变体以产生多个检测到的变体，其中核酸序列读数对应于肿瘤样品基因组中的多个靶向位置，其中检测到的变体包括体细胞变体和种系变体；用来自存储在数据存储器中的一个或多个群体数据库的注释信息注释多个检测到的变体的一个或多个检测到的变体，其中群体数据库包括与群体中变体相关的信息，其中注释信息包括与给定变体相关的次要等位基因频率；过滤多个检测到的变体，其中过滤将规则集施加到检测到的变体以保留体细胞变体，规则集包括保留其次要等位基因频率(MAF)在MAF范围内的检测到的变体，其中过滤产生所识别的体细胞变体；计数所识别的体细胞变体，以得到体细胞变体的数量；确定肿瘤样品基因组中靶向位置的覆盖区域中的碱基的数量；和通过将所识别的体细胞变体的数量除以覆盖区域中的碱基的数量来计算每兆碱基的体细胞变体的数量，以产生肿瘤样品基因组的所述突变负荷。