[发明专利]使用MITRA尖端提取检测囊性纤维化突变的方法在审
| 申请号： | 201780083042.8 | 申请日： | 2017-11-13 |
| 公开（公告）号： | CN110168100A | 公开（公告）日： | 2019-08-23 |
| 发明（设计）人： | H·桑德斯;N·J·克拉克 | 申请（专利权）人： | 奎斯特诊断投资有限责任公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806;C12Q1/6883 |
| 代理公司： | 北京坤瑞律师事务所 11494 | 代理人： | 封新琴 |
| 地址： | 美国新*** | 国省代码： | 美国;US |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 囊性纤维化 突变 生物流体样品 微量取样装置 提取检测 体积计量 文本提供 试剂盒 遗传性 治疗剂 检测 吸收 治疗 表现 | ||
1.一种用于检测样品CFTR核酸中的至少一种突变的方法，其包括
(a)从自微量取样装置的吸收尖端洗脱的干生物流体样品中提取所述样品CFTR核酸；
(b)产生包含对应于所述样品CFTR核酸的多个靶区段的扩增子的文库；以及
(c)使用高通量大规模平行测序检测所述文库中扩增子中的至少一个中的至少一种突变。
2.权利要求1的方法，其中所述干生物流体样品是干血浆、干血清或干全血。
3.权利要求1或2的方法，其中所述微量取样装置的吸收尖端上的干生物流体样品是通过手指针刺从患者收集的。
4.权利要求1至3中任一项的方法，其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与裂解缓冲液和蛋白酶K接触来进行的。
5.权利要求4的方法，其中所述裂解缓冲液包含盐酸胍、Tris·Cl、EDTA、Tween 20和Triton X-100。
6.权利要求4或5的方法，其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与所述裂解缓冲液在90℃下接触长达15分钟来进行的。
7.权利要求4-6中任一项的方法，其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与蛋白酶K在56℃下接触长达1小时来进行的。
8.权利要求4-7中任一项的方法，其中所述干生物流体样品的洗脱是通过使所述微量取样装置的吸收尖端与蛋白酶K在56℃下接触长达16-18小时来进行的。
9.权利要求1至8中任一项的方法，其中所述微量取样装置是体积计量吸收微量取样装置。
10.权利要求1至9中任一项的方法，其中所述微量取样装置是尖端。
11.权利要求1至10中任一项的方法，其中所述微量取样装置的样品体积不超过10-20μL。
12.权利要求1-11中任一项的方法，其中从所述微量取样装置的吸收尖端洗脱不超过400ng基因组DNA。
13.权利要求1-12中任一项的方法，其中从所述微量取样装置的吸收尖端洗脱约100ng至约400ng基因组DNA。
14.权利要求1-13中任一项的方法，其中所述至少一种突变选自碱基变化、基因缺失和基因重复。
15.权利要求1-14中任一项的方法，其中所述至少一种突变选自表2中列出的突变。
16.权利要求1-15中任一项的方法，其中所述至少一种突变与囊性纤维化相关。
17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述干生物流体样品是从表现出囊性纤维化症状或具有囊性纤维化或CFTR突变家族史的个体获得的。
18.权利要求1-17中任一项的方法，其中所述干生物流体样品是从患有囊性纤维化或具有至少一种CFTR突变的妇产科患者的男性伴侣获得的。
19.权利要求1-18中任一项的方法，其中所述多个靶区段一起跨越CFTR基因的所有编码区和非编码区。
20.权利要求19的方法，其中所述多个靶区段还跨越紧邻所述CFTR基因的第一外显子上游的启动子区的约1000个核苷酸。
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