[发明专利]表观遗传染色体相互作用在癌症诊断中的应用

权利要求书

1.一种确定表观遗传染色体相互作用的方法，所述表观遗传染色体相互作用与区分亚组的用于癌症的预后伴随表观遗传学测试相关，

所述方法包括使来自所述亚组的第一组核酸与代表染色体相互作用的指标群体的第二组核酸接触，

和使互补序列杂交，

其中所述第一组核酸和所述第二组核酸中的核酸代表包含来自在表观遗传染色体相互作用中集合在一起的两个染色体区域的序列的连接产物，

并且其中所述第一组核酸和所述第二组核酸之间的杂交模式允许确定哪些表观遗传染色体相互作用特异于所述群体中的亚组，

其中所述亚组在涉及预后的至少一个特征上是不同的，并且

其中：

(i)所述亚组在对酪氨酸激酶抑制剂疗法的反应性方面是不同的，和/或

(ii)所述癌症与来自激酶基因和/或酪氨酸激酶基因的异常表达相关，和/或

(iii)所述癌症与以下一种或多种基因的遗传或表观遗传变化相关：FIP1L1，PDGFRA，Flt3，ABL1，FGFR1和cKIT。

2.根据权利要求1所述的方法，其中：

-所述亚组是人类群体的亚组，和/或

-所述第一组核酸来自至少8个个体；和/或

-所述第一组核酸来自第一亚组的至少4个个体和来自优选与第一亚组不重叠的第二亚组的至少4个个体，和/或

-所述第二组核酸代表染色体相互作用的未选择的组，和/或

-所述第二组核酸在限定的位置结合至阵列，和/或

-所述第二组核酸代表至少100个不同的基因或基因座中的染色体相互作用，和/或

-所述第二组核酸包含至少1000个不同的核酸，代表至少1000个不同的表观遗传染色体相互作用，和/或

-所述第一组核酸和所述第二组核酸包含长度为10至100个核苷酸碱基的核酸序列，和/或

-其中所述第一组核酸来自至少两个亚组，其中一个亚组具有限定的遗传变化或表观遗传变化，且另一个亚组不具有所述遗传变化或表观遗传变化，并且所述方法确定哪些染色体相互作用与所述遗传变化有关，和/或受所述遗传变化影响。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中两个或更多个所述亚组患有癌症，但所述癌症在以下方面是不同的：

(i)激酶基因和/或酪氨酸激酶受体基因的表达和/或突变，和/或

(ii)至少一种与以下基因中的一种或多种相关的表观遗传染色体相互作用的存在或不存在：FIP1L1，PDGFRA，Flt3，ABL1，FGFR1和cKIT，和/或

(iii)响应特定的治疗和/或预防(特别是响应特定的药物治疗和/或预防)。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，所述激酶基因是细胞质/受体激酶基因，优选酪氨酸激酶基因或丝氨酸/苏氨酸激酶基因。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，响应酪氨酸激酶抑制剂治疗的亚组：

(i)具有酪氨酸激酶受体的上调，可选地其中所述酪氨酸激酶受体是血小板源性生长因子受体A(PDGFRA)和/或

(ii)对应于第一核酸，其中所述连接产物包含来自酪氨酸激酶受体的序列和/或

(iii)对应于第一核酸，其中所述连接产物包含来自FIP1L1和PDGFRA两者的序列，和/或

(iv)对应于第一核酸，其中所述连接产物包含来自以下基因中的一种或多种的序列：FIP1L1，PDGFRA，Flt3，ABL1，FGFR1，cKIT，其中可选地所述序列包含至少10个核酸。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中：

(i)在表观遗传染色体相互作用中集合在一起的至少一个染色体区域位于酪氨酸激酶受体基因座，可选地PDGFRA内，和/或

(ii)在表观遗传染色体相互作用中集合在一起的至少一个染色体区域位于FIP1L1基因座内，和/或

(iii)在表观遗传染色体相互作用中集合在一起的染色体区域之间发生缺失断点突变。