[发明专利]表观遗传染色体相互作用在癌症诊断中的应用

说明书

本发明提供了一种确定表观遗传染色体相互作用的方法，该表观遗传染色体相互作用与癌症的预后伴随表观遗传学测试相关。

技术领域

本发明涉及检测染色体相互作用。

背景技术

全球人口已经发展为期望在技术的各个方面，特别是在医学领域内提供快节奏且有效的服务。个性化疗法的改进通常依赖于使用生物标志物如蛋白质，mRNA，抗体和SNP标志物。

发明内容

本发明人已经研究了染色体相互作用在癌症预后中的作用。他们的工作表明，特定的染色体相互作用与具体结果，如对疗法的反应相关。作为该工作的一部分，发明人还开发了一种特别适用于检测在检测染色体相互作用过程中产生的连接核酸的新的表观遗传测试试验。

因此，本发明提供了一种确定与区分亚组的用于癌症的预后伴随表观遗传测试相关的表观遗传染色体相互作用的方法，包括使来自该亚组的第一组核酸与代表染色体相互作用的指标群体的第二组核酸接触，和使互补序列杂交，其中第一和第二组核酸中的核酸代表包含来自两个在表观遗传染色体相互作用中集合在一起的染色体区域的序列的连接产物，并且其中第一和第二组核酸之间的杂交模式允许确定哪些表观遗传染色体相互作用特异于群体中的亚组，其中亚组在至少一个与预后相关的特征上是不同的。通常，亚组在对酪氨酸激酶抑制剂治疗的反应性方面是不同的，和/或癌症与激酶基因和/或酪氨酸激酶受体基因的异常表达相关，和/或癌症与在一个或多个以下基因中的遗传或表观遗传变化相关：FIP1L1，PDGFRA，Flt3，ABL1，FGFR1和cKIT。

本发明还提供了一种确定癌症预后的方法，包括：(a)对通过上述方法确定的染色体相互作用进行分型，和/或(b)检测至少一种与以下相关的表观遗传染色体相互作用的存在或不存在：(i)对酪氨酸激酶抑制剂治疗的反应性，和/或(ii)激酶基因和/或酪氨酸激酶受体基因的异常表达，和/或(iii)一种或多种以下基因：FIP1L1，PDGFRA，Flt3，ABL1，FGFR1和cKIT。

本发明进一步提供了使用在PCR反应期间活化时可检测的探针来定量检测与染色体相互作用相关的连接序列的方法，其中所述连接序列包含来自两个在表观遗传染色体相互作用中集合在一起的染色体区域的序列，其中所述方法包括在PCR反应期间使连接序列与探针接触，和检测探针的活化程度，并且其中所述探针会结合连接位点。该方法允许使用双标记的荧光水解探针以符合MIQE的方式检测具体的相互作用。

本申请人的工作首次向业界提供了符合MIQE的用于确定肿瘤环境中的预后的染色体构象(3C)测试法。

附图说明

图1是3C过程的示意图。3C是指染色质构象捕获或染色体构象捕获。

图2是针对连接序列1的序列位置的曲率和可弯曲性的图表。每10.5bp螺旋旋转的以度计的预测曲率以黑色显示(在左侧Y轴上0至9的标度)，并且以任意单位计的可弯曲性以灰色显示(右侧Y轴上4至6.5的标度)。在X轴上显示了0至500的以碱基对计的序列数。

图3是针对连接序列2的序列位置的曲率和可弯曲性的图表。每10.5bp螺旋旋转的预测曲率以黑色显示(在左侧Y轴上0至12的标度)，并且以任意单位计可弯曲性以灰色显示(右侧Y轴上3至6.5的标度)。在X轴上显示了0至700的以碱基对计的序列数。

图4是针对连接序列3的序列位置的曲率和可弯曲性的图表。每10.5bp螺旋旋转的预测曲率以黑色显示(在左侧Y轴上0至9的标度)，并且以任意单位计可弯曲性。以灰色显示(在右侧Y轴上4至6的标度)。在X轴上显示了0至450的以碱基对计的序列数。

图5是针对连接序列4的序列位置的曲率和可弯曲性的图表。每10.5bp螺旋旋转的预测曲率以黑色显示(在左侧Y轴上0至10的标度)，并且以任意单位计可弯曲性以灰色显示(在右侧Y轴上3至7的标度)。在X轴上显示了0至500以碱基对计的序列数。