[发明专利]一种新型甲基化建库试剂盒及其应用在审
申请号: | 201810000903.8 | 申请日: | 2018-01-02 |
公开(公告)号: | CN107904667A | 公开(公告)日: | 2018-04-13 |
发明(设计)人: | 王芳;李静;陈昌岳;周孟丽;路远;郑冠涛;胡秋萍;张祥林 | 申请(专利权)人: | 上海美吉生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C40B50/06 | 分类号: | C40B50/06;C12Q1/6869;C12Q1/6858 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙)31219 | 代理人: | 李艳,许亦琳 |
地址: | 201321 上海市浦东新区中国(上海)*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 新型 甲基化 试剂盒 及其 应用 | ||
1.一种甲基化建库试剂盒,至少包括:重亚硫酸盐转化试剂、黏性末端接头、连接酶、DNA延伸试剂、以及DNA扩增试剂。
2.根据权利要求1所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括细胞裂解液或基因组DNA抽提试剂,所述细胞裂解液用于对单细胞样本裂解,获得单细胞样本的基因组DNA。
3.根据权利要求1所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括双链接头。
4.根据权利要求3所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,
所述重亚硫酸盐转化试剂用于对样本基因组DNA进行重亚硫酸盐转化;
所述黏性末端接头用于连接到重亚硫酸盐转化后的样本基因组DNA变性成的单链DNA上,获得一端带有接头的单链DNA;
所述连接酶用于连接黏性末端接头与所述单链DNA;
所述DNA延伸试剂用于对所述一端带有接头的单链DNA进行延伸,形成一端带有接头的双链DNA;
所述双链接头用于连接到所述一端带有接头的双链DNA的另一端,形成双端带有接头的双链DNA;
所述DNA扩增试剂用于对所述双端带有接头的双链DNA进行扩增,获得甲基化测序文库。
5.根据权利要求1所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头为带有黏性末端的双链接头,所述黏性末端接头的一端为第一黏性末端,所述第一黏性末端至少包括随机序列。
6.根据权利要求5所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头的另一端为平末端或第二黏性末端。
7.根据权利要求6所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,当所述黏性末端接头的另一端为第二黏性末端时,还包括以下特征中的任一项或多项:(1)所述第二黏性末端为任意序列或A/T/C/G寡核苷酸的重复序列,优选的为重复序列;(2)所述第二黏性末端的长度为2-10nt,优选为2-5nt。
8.根据权利要求5所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述第一黏性末端包括随机序列及特殊序列。
9.根据权利要求8所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述特殊序列为序列确定的序列。
10.根据权利要求5所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的长度为10-70nt,优选为10-30nt,更优选为10-25nt。
11.根据权利要求5所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的退火温度为10-100℃,优选为20-80℃,更优选为30-60℃。
12.根据权利要求5所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,还包括以下特征中的任一项或多项:(1)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的5’端进行磷酸化修饰;(2)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的5’端进行间臂(spacer)修饰;(3)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的5’端进行氨基修饰;(4)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的5’端采用甲基化修饰的重复A/T/C/G序列;(5)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的3’端进行生物素化修饰;(6)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的3’端进行间臂(spacer)修饰;(7)所述黏性末端接头中,带有第一黏性末端的单链的3’端进行氨基修饰。
13.根据权利要求5所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头中,不带有第一黏性末端的那条单链称为另一条单链。
14.根据权利要求13所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头中,另一条单链的长度为10-70nt,优选为10-30nt,更优选为10-25nt。
15.根据权利要求13所述的甲基化建库试剂盒,其特征在于,所述黏性末端接头中,另一条单链的退火温度为10-100℃,优选为20-80℃,更优选为30-60℃。
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