[发明专利]一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法

权利要求书

1.一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括以下具体技术步骤：

（1）筛选候选序列：提取20个斑节对虾个体的头胸甲总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接斑节对虾头胸甲参考转录本，使用软件SciRoKo 3.4检索转录本，检索出含有微卫星序列的unigenes，并筛选微卫星核心序列重复次数超过6次的位点为候选序列；

（2）筛选候选微卫星位点：

其候选comp233997的基因序列为：

GAGGACGCGGATCATCGTCGTCGTTGTCGGGAAGAGGACGCGGATCATCATTGTCGTCGTCGTCGGGAAGACAGTAGAGCTTTTGGATCGTCGTTGTCATCAGGAAATGCAGAGGCTTTGAATCGTTGTCCTCGCCATTGGGAAGGGATTGCATTGTAGATGTGAATGAACGTCCTCGTCGGTTGTCGTCGGCAAGGGAGAAGGGTCGGGAACAAATCGTCATCGTTGGGAATGTAGAAGAGGTGGATGCTCTCGCCGTTGGAATAGGAGAGGACGTGGGCTGCTGTTTTATTATTATTATTATTATTAGGAAAGGACACCGATGTGAGAATCGTTTGAGCGTGAAAAAGATGAATGCAAAGTGTCAACTAACTTAGGGAAAGTGTAGAAAAGCATTTCAGTAAAAGCACATACTCCTACCAGGAACAGGGGAAGAAGTAGGTTTTGTCTATGCTAATATGGCTTTCTGCTCAGTGTAGTTGTCTACCAGATAAGTGCATAGAGAATGTGTTGGGGGTTCTGCTAGGCTAATGTTGTCTGAGGATTCAGTTTCGCTTTGGCAGTTTTGCATTGGAGAAAAAACCGTTGTGCACAAGTTGCCCTGTAATGTGAATCGTTTACAAAGAAATGTATTATTCAAGTGTATGCATCTTATGGTTCAGAATTGAAAGACGGACAAAAAAGCCGGGTGCCAGTGTTTGTTCCCAGTACTTAATCAATGATTTTGACATTTGCTATTATTGTTGTCATCAGCTCTGCAAATATCTATAGTTAGAAAATCCGTTTCCTCCAAGGTTCATCAGCTCTGCAAATGATCCATAAGAAAATATCGAAAATCAGACTAGTCACTGTTTCCTTCAAAGGCTGTTACTCATCGTCGCTTTGAATGCTGGTAACCATTTGCCGATCATCAGAGGTTCCCGTAGTGATTGCGGTTGCAGACCGAATGCTGCAATGGGCATTGTCTATTACCACGTCTTCAGAATGCTGTGGTGTAAGTCATCATATCTTAAGTAAAGAAGACTTGCTGTTGCCGTTCATTACATATAAAACTGTGGTTCAGTTCTGAGGTTGCCACCGTCGATCATCACATCTTGGATGCTGAATCAACAATCGTCACTGCCTGTGCAGTACTCTGCCTATCTGTGGGTCGTTGCCGTCTACGCTTGACGTCATGTATGGGGTGCTGGTCGCCGTCTTTGATGAGGTTGGAACAGCGCCTTTGATCATCTTCAAGTTCGATTGCGACCCGAAGAATTCTGGGTGTCTGCATTCTGTCAACAAATGTGTGAAAAGGTGAAGACTTCGATAAAGGTAAGGTTAATGTATCCATCTATACTTAAGGGTAAGTATGAACTGTTTCTTTCTGATGTATTTTCCAAAGAAAAGTAGAGCGAGATGTAGCCTACTAAAGATATTAGTATGTGGGTCCTCTCTACTTTTGCTGAAGTGATTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTCTCAAAGTTGGAAGGGTTACAGTAATTTTACACTTTCACTTACATTTCAACTGTCTTCATTCATCATATACTTTCACCCAAATTCACCAATTCCAGGTTCCCCCTTTTGGCTTGATTGTTGTGGCTGTGGGTCGAGCGAGCCAGACACTTTCCTTGGCAGTAGAATGTATCGGGGTTACAAGCGGCAGCATCTGTAGGCCTTGGACGGGACAAGACGAAGCACCAGTAGACATAGCAGACTCGGCAGAAGGGGTCAAGAGGCGATTAAGTTAATGTTTCACATCAGCAGGCAAACACTTTGCGGAAAGTATAGGTGACGTGGGATTAGCTTACCCAAAATGATGTAGGCTTGCAGTTATTACTGATTGCAAGTGCGTATTTATGTATTTCAAGAAAATGTGAACACCGGACCGTCGTAAGTCTTCGCAGCTAAACGTTGAATATCTTCACTATGATGAACACTTGAACACGATTTGATTATTGGAGTGTTTTAATGGTATTTTATTTGTAGTCTGCCTACAAGTGTGTTCTAGAGAAAAAAATCAATATTGAAACATTGAACACTTTCGTGTATTGGAAAAGCCATATTATGTGGCAAATTATTCATCAGAGATAATTGGCAACATATATTTTCTTTGGATAAATTACTTGCTTACCGTGGAATCTTGTGCATGAGGCTGTGGCACTCTTGATTGATCACTTTGGCAGCATTAGCTGGCAAGGTCGGTGTTCTGCAGTCTACATGCACATACAAAATAGGAGAACCCCCTAGCCTGTTCCAGAGTCTACCTTGGGATTTTAAGAGTAATGCTACGTGGACCTCCGGCTTCAGACCTTCGTTAGTAACAAGATCGTCCCATCGTCACAGGGTTGGATAATTTTAATCTACATTCACTGCCCAGCTCAACTTTGGAATTCCCAAGTTTATTTCTTCGAATACTTCTGCAGATACTACTATCTGCATTATCCCCTATAGGAACCTGCACCTATTATCATCATGATCTTCATATCTACATGCATCAGCATACTTCCCATCTACATTGACGTACTCCACAATCAGCACCGGTCATACAACCTGCACAACCTTCATTAACATCTTTGTTTTCCTGTCAGCTCTACCAAATCTGAAAAATAAATCGCAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAA，其中加粗、加下划线的碱基为候选comp233406微卫星标记位点；

（3）设计特异性引物

采用软件primer 3设计微卫星comp233406位点的特异性引物，其正链引物：5’-GATGTGAATGAACGTCCT -3’，负链引物：5’- TTTTCACGCTCAAACGAT -3’。