[发明专利]一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法

说明书

本发明公开的是一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法，包括以下步骤：（1）筛选候选序列（2）筛选候选微卫星位点（3）设计特异性引物。本发明在没有已知的斑节对虾基因组DNA微卫星多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，构建转录序列，利用生物信息学分析筛选comp233406微卫星标记多态性位点；为斑节对虾comp233406微卫星标记多态性筛选及检测打下基本，在此基本上可采用软件primer 3设计特异性引物，不仅可便捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳完成斑节对虾comp233406微卫星标记多态性检测、验证及基因分型，而且筛选检测费用低、操作简便快速。

技术领域

本发明属于斑节对虾DNA分子遗传标记技术，涉及的是一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法。

背景技术

斑节对虾（Penaeus monodon）是对虾属种形体最大的物种，俗称鬼虾、草虾和九节虾，联合国粮农组织称其为大虎虾，其广泛分布于印度、太平洋等沿岸海域，在我国主要分布在南方的福建省、广东省、广西壮族自治区和海南省等沿岸海域。斑节对虾生长快、适应性强、肉味鲜美，产量高，是我国南方海水养殖的重要经济虾类。目前我国斑节对虾自然种群由于过度捕捞、病害感染及栖息地被破坏等原因，其种质资源量逐年下降，种群数量越来越少，已经很少能形成渔汛了。并且，养殖生产所需的苗种亲本主要来源于海南海域捕获的野生雌虾，进一步导致其自然资源逐渐衰退。针对斑节对虾自然优良种质进行生态保护已经迫在眉睫。在此基础上进行种质创新，大力推广良种选育是恢复其种质资源，推进其产业健康可持续发展的重要措施。种质资源评估和家系系谱鉴定需要大量的DNA分子标记来提高可靠性。Jerry等人曾开展过斑节对虾谱系鉴定工作，因为微卫星标记扩增效率、无效等位基因和影子带等因素导致从23对微卫星标记中仅筛选出7对标记（30%）用于系谱鉴定。可见筛选足够数量微卫星DNA分子标记是斑节对虾开展种质鉴定的前提保障。然而，与大西洋鲑鱼等海水养殖鱼类相比，目前斑节对虾分子标记开发的数量和质量尚不能满足系谱鉴定、遗传连锁图谱等研究的需求。并且由于斑节全基因组DNA信息匮乏，有关其DNA分子多态性标记开发、应用的研究少有报道。而筛选斑节对虾微卫星DNA分子标记的前提条件是筛选候选序列，筛选出候选序列才能进行斑节对虾微卫星DNA分子标记。本发明提供一种斑节对虾微卫星标记候选序列的筛选方法，使得在斑节对虾基因组DNA信息匮乏背景下的也能快速筛选comp233406微卫星标记多态性位点，可方便、快捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳进行斑节对虾微卫星多态性标记验证及基因分型，有利于斑节虾系谱鉴定、遗传连锁图谱构建等研究开展。

发明内容

本发明的目的在于提供一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法，使得在斑节对虾基因组DNA信息匮乏的背景下，也能快速筛选斑节对虾微卫星标记多态性位点，克服现有公知条件下缺乏斑节对虾微卫星标记候选序列，而不能进行斑节对虾微卫星DNA分子标记的不足。

本发明的目的由下述技术措施实现，一种斑节对虾comp233406微卫星标记候选序列的筛选方法，包括以下具体技术步骤：

（1）筛选候选序列：提取20个斑节对虾个体的头胸甲总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接斑节对虾头胸甲参考转录本，使用软件SciRoKo 3.4检索转录本，检索出含有微卫星序列的unigenes，并筛选微卫星核心序列重复次数超过6次的位点为候选序列；

（2）其候选comp233406的基因序列为：