[发明专利]一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法

权利要求书

1.一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括下述具体技术步骤：

（1）构建日本囊对虾肝胰腺参考转录本，筛选候选序列：

提取20尾日本囊对虾个体的肝胰腺总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接日本囊对虾肝胰腺参考转录本，map短序列到参考转录本筛查单核苷酸多态性位点，并筛选map质量分数大于40、次要等位基因频数在200以上及次要等位基因频率高于20%的位点为候选序列；

(2)筛选候选SNP位点：

其候选comp10991的基因序列为：

GCCGCAGCCAAGAGCACTACCAGTATTCACTCCTCTCCAGTCATAAGCAATGCTGAGGGTCGTGCCTCTGGTAGTGCTCTTGGCTGCGGCCTCACTGGCGCAGTGGGATCCCAACTCTAGCAATGGACAAGCTATCGTCCACTTGTTTGAGTGGAAGTGGCCGGACATCGCCGCCGAATGCGAGAACTTCTTAGGTCCTCGTGGATTCGCCGGCGTTCAGGTATCACCACCTAACGAGTATGTGGAGGTGTACCAAGGAGAGGTGAAGCGGCCGTGGTGGGAGAGGTACCAACCCGTCTCCTACAAGCTCGTCACTCGCTCCGGTGATGAAAATGCCTTCAAGGACATGGTCACCCGCTGCAACAACGTGGGAGTCAAGATCTACGTAGATATTGTGATGAACCACATGTCTGGCGGTTGGCCCCAAGGCACAGGAGGTTCCGGGGGATCCTCCTTTGACTCTGGCGCACAATCCTACCCAGGTGTTCCCTATTCCGCCTTCGACTTCAACGACGGCAACTGCCACACTGGATCCGGAAACATTGAAAACTACGGAGACGCCAATCAGGTGCGCAATTGCAAGCTGGTCGGGCTGAACGACTTGAACCAAGGCACCGACTACGTCCGAGGCAAAATCAGGGACTACTTGAACACGCTCATTGGCTACGGTGTGGCTGGCTTCCGAATCGACGCCAGCAAGCACATGTGGCCGGGGGACATGAAGGCCATATTCGATAGCCTGAACAACCTCAACACTGATTTCTTCAAGGCCGGTTCCAGACCTTTCATCTTCCAAGAAGTCATTGACCTGGGTGGCGAAGCCATATCCGGCCAAGAATACGTTGGCAACGGTCGCGTGACTGAGTTCAGGTACGGAAAGTACTTGGGCGAGGCCTTCCGCGGCAACAACCAGCTACAATACCTCAAGAACTTCGGCGAAGACTGGGGCATGATGGACAGGGCTAATGCACTGGTCTTTATTGACAACCATGACAACCAGCGAGGCCATGG，其中加粗、加下划线的碱基为候选C553T_SNP位点；

（3）设计特异性引物：

采用PAMSA（PCR amplification of multiple specific alleles）方法设计特异性引物，其正链引物一：5’- GGGGGGGATCCGGAAACATTGAAAACGAC -3’；正链引物二：5’-ATTTATATGGGGGGGATCCGGAAACATTGAAAAATAT-3’，负链引物：5’- CCCTGATTTTGCCTCGGACGTA-3’。