[发明专利]一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法

说明书

本发明公开的是一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法，包括以下步骤：（1）构建日本囊对虾肝胰腺参考转录本，筛选候选序列（2）筛选候选SNP位点（3）设计特异性引物。本发明可以在没有已知的日本囊对虾基因组DNA单核苷酸多态性位点的信息下，通过转录组混合样测序，利用生物信息学分析筛选其候选单核苷酸多态性位点；为识别日本囊对虾2种形态变异体的分子标记打下基础，在此基础上通过不同群体混合基因池策略筛选群体特有的单核苷酸多态性标记，可方便、快捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳进行日本囊对虾2种不同形态变异体鉴别和检测；具有筛选、检测费用低、操作简便并且可以鉴别形态差异不显著的幼体等优点。

技术领域

本发明属于日本囊对虾DNA分子遗传标记技术，具体涉及的是一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法。

背景技术

日本囊对虾广泛分布于印度—西太平洋海域，从非洲东部、红海到日本、朝鲜一带海域都有其踪迹，我国主要分布在长江口以南海域（何永琴等，2012）。日本囊对虾属暖水性经济虾类，肉质鲜美，营养丰富，具有耐低温，活力强，耐干露，适合鲜活销售等特点，是对虾中价格最高的种类，是公认的对虾养殖的名优品种之一。Tsoi等 (2005，2007) 从外部形态和基因差异，提出日本囊对虾有2种形态变异体（Variety I 和 II），即头胸甲侧部斜纹全延伸至底缘的形态变异体Ⅰ(varietyⅠ)和头胸甲侧方斜纹半延伸至中位的形态变异体Ⅱ(varietyⅡ)。不过，在日本囊对虾幼虾及幼虾以下阶段，由于头胸甲斑纹不明显，其所属变异体类型无法正确辨认。但由于二者地理分布不同并具较大遗传分化，2种形态变异体在高温适应性和生长速度上有显著差异：形态变异体Ⅰ能够适应较高的海水温度、但其生长速度较慢；形态变异体Ⅰ能够适应温度较低的海水并且其生长速度较快。因此开发准确、快速鉴别日本囊对虾2种不同形态变异体的技术对日本囊对虾种质资源研究、遗传育种及苗种生产具有重要意义。作为新一代的DNA分子标记，单核苷酸多态性标记是基因组中含量最丰富的分子标记，并且其遗传稳定性高、分型准确，易于实现高通量、自动化的检测，成为日本囊对虾选育群体遗传背景的调查，选育个体，家系系谱鉴定和开发群体特有分子标记的首选DNA分子标记之一。但日本囊对虾基因组DNA信息匮乏，有关其单核苷酸多态性标记开发、应用的研究少见报道。而为了确立准确、快速地鉴别日本囊对虾2种不同形态变异体分子标记方法，最关键的措施是对日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选，筛选出comp10991的基因序列，就可以实现识别日本囊对虾2种形态变异体的分子标记，可方便、快捷的通过聚丙酰胺凝胶电泳进行日本囊对虾2种不同形态变异体鉴别和检测；具有筛选、检测费用低、操作简便、快速等优点。

发明内容

本发明的目的在于提供解决的问题在于提供一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法，在日本囊对虾基因组DNA信息匮乏的背景下，实现识别日本囊对虾2种形态变异体的分子标记，快速筛选其不同形态变异体特有的单核苷酸多态性位点及检测，为准确、快速地鉴别日本囊对虾2种不同形态变异体服务。

为实现上述目的,本发明采取了下述技术方案, 一种日本囊对虾2种形态变异体候选序列的筛选方法，包括下述具体技术步骤：

（1）构建日本囊对虾肝胰腺参考转录本，筛选候选序列：

提取20尾日本囊对虾个体的肝胰腺总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接日本囊对虾肝胰腺参考转录本，map短序列到参考转录本筛查单核苷酸多态性位点，并筛选map质量分数大于40、次要等位基因频数在200以上及次要等位基因频率高于20%的位点为候选序列；

(2)筛选候选SNP位点：

其候选comp10991的基因序列为：