[发明专利]一种凡纳滨对虾C239T单核苷酸多态性标记候选序列的筛选方法

权利要求书

1.一种凡纳滨对虾C239T单核苷酸多态性标记候选序列的筛选方法，其特征在于所述方法包括下述具体技术步骤：

（1）筛选候选序列

提取15尾凡纳滨对虾的头胸甲总RNA，混合样品进行转录组测序，拼接凡纳滨对虾头胸甲参考转录本，比对定位测序读端（reads）到参考转录本筛查单核苷酸多态性位点，并筛选比对质量分数大于40、次要等位基因频数在200以上，以及次要等位基因频率高于20%的位点为候选序列；

（2）筛选候选SNP位点

其候选comp39413的基因序列为：

GTTCGTCGTCGTGAGAACTTCAATCAACTCTATTAGCTAGTAAAATGGCCACCACGTGCTGCCGCCCTCTTGTGGGCGTGTACGAGGCAGGCGCGCCCACAAAGAGCCGCGTGTCCCTGCCAGCGGTGTTCCGAGCCCCAATCAGGCCAGATGTGGTGAACTTCGTGCATGACCAGATGGCCAAGAACACACGCCAACCCTATGCTGTCAACAAGGATGCTGGTCACCAGACTTCAGCCGAGTCTTGGGGTACTGGTCGTGCTGTGGCCCGTATCCCCCGTGTCCGTGGTGGTGGTACTCACCGCTCTGGTCAGGGTGCCTTTGGTAACATGTGCCGTGGTGGTCGTATGTTTGCCCCAACTAAGATCTGGCGCCGCTGGCACCGCCGTGTTGGTGTTAACCAGAAACGTTACGCCATGTGCTCAGCCATTGCTGCCTCAAGCATTCCAGCTCTTGTTATGTCAAAGGGCCACATGATCCAGGAAGTGCCTGAGGTACCCCTGGTTGTTAGCAACAAGGCCCAGGAGCTGACAAAGACCAAGGAGGCTGTTGCTCTCTTGAGACAGCACCATGCCTGGACTGATGTTCTTAAGGTGTACAAGAGCCAGAGGTTCCGTGCTGGTAGGGGTAAGATGCGCAACCGCCGTCGCATCCAGAGGAAGGGACCTCTGGTTATCTACAATAATGACCAGGGCCTGACCAGAGCCTTCCGCAACGTACCTGGTGTTGAGACCATCTGTGTTGACAAGCTGAATCTGCTGAAGCTTGCTCCTGGTGGCCATGTGGGAAGATTCTGTATCTGGACTGAGGATGCATTCCGTAAGTTGGATGCTCTCTATGGAACATGGCGCAAGGAGGCTAAGAACAAGAAGGGATATAATCTACCGGTGTCAAAAATGACCAACACCGATTTGTCCAGGCTCCTGAAGTCAGATGAAATCAAGTCTGTCATTAGGAAGCCAAACAAGACCATTGTTCGTAGCAAGGTGAAGCCAAACCCACTGACCAACTACCAAGCCATGCTGGAACTTAACCCCTTCCACCGTGTTGAGAAGAAATTGGCCCAAGCTGTTGAAGCAAAGCACATCGAGGCTAAGAAGTCCGGAAAGCCTAAGGTTGTAAAGCCTGCAAAGAAAGAAAAGCAAAGAAAGAAGAAGACTACCAAGAAGACTGTGAAGAGGCTGAGGAAGCAGCACCCAAGGAGCCATTCTGGCAAGAAGGGCAAGGCTGCTGCAAAGTAAAGCAAACCAGGCAATGCTTTGGTAAAAAATAAACCGTGCAAGAAACTTTTGTTTTCTTTATCCGAAATTTAATATTGAATTTGAATTCCCTGTAGATCATACTCAACTTTGGGTAAGTATTTTGAGTATACAATTTTTTATTTTCTGCAGCAATTTAGTACAGAAGGCTTCTCCTTGGGTTGGTTTAGTTGTCTTTTTAGTACTTGAGGTAAGAATTCTCAATCTTAACCATTCCTGCTGGGTAAAAAGTTTGGCAAGTGGATGTATTAATAATAGGCACCTAATTTCATAGAACTCAATAAGAAACCGTACCCCAAAAGACTTGACACAATTATTAAAAATTGTTAGTAATATTCTTTTAAAGCAGTCAAATGTAATGTTTAGTCACTCAATTTTCCTTGCATAGTCTACATCCAGATTGGTTTCAAAATTGGTAGATGTGCACTTAGACAAGTTTTGTTGACAACCTAATTTTATTTGCATTTAAATTCAAGGAATGGTAGGTCTTTTATTTACATGTAATATATTGAGTGCACCTTTTTTAAGTGTCATTTCCCAGGTTTCGTGGCAAATAAATTTTGAACAAGTACTTGCATCTTGCCCTACAGCTAGGTACTGGTCCAAGAATAAATGTTAACCTTTTCTTTTCAGGTGTCCTGTAGCCAAAGTTTAAGCATATAATAATGACGTAACGTTTGCCCGAATGCTTGGTGCAGTGTTGAAAATCCTCCACTTTAGAATAGAATGAAGGTACAAGGTGGCATCAAGTGACATGATTTGGTGATCTATCAAAGTGAATCTTGCAGAATCGAGAAATGTTCAAGCCCAATCAGGAGAATGGTAAAGATGTTGGTAGCAGGAAGTTTATTTTGTAGCCTAGATTAATAAGCAGATGGATGGAGAATGGAAGCATCACCATTCTTAGTATTAAAGTAGGCGACAAAATTGAACGTAATGATGTTGAAGACAGGTTTCTTAGTCTTAGCTTGCAGTAGATAAAAAAAAATCCTGATTGTGTCAGCATTGAAATGGACAATAAAAAATTACTAACCCCTTTCACTTGTTCACATCAAATTGAAGGGAAAGATGGTAGGATTGTTTGCTCTTAGTATTTTGTCAAAACCTTTTTAAGGGGACCGTCCCTGAAGAACAAAATATCAGATTTACTATTTTTGCTTTGAAATAGAAAACGGTCTTACAGATTTTCATGAAATTTAAGTAGACGGAAGAATACCAATATTTTTTACTTTGACCATAGGGAATTTCTGATGTGACATCCTGAGTTGTGGGGTACCAAATGTAAAGAAAAATAAATATATAAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA，其中加粗、加下划线的碱基为候选C239T_SNP位点；

（3）设计特异性引物

采用PAMSA方法设计特异性引物，其正链引物一：5’- TAAAAGGTCACCAGACTTCATCC -3’；正链引物二：5’- TTTTCCCCTAAAAGGTCACCAGACTTCCGCT -3’，负链引物：5’-GGCAAACATACGACCACC -3’。