[发明专利]利用重测序技术快速确定转基因株系插入位点的方法

权利要求书

1.利用重测序技术确定转基因株系插入位点的方法，其特征是包括以下步骤：

1)、提取转基因株系基因组DNA；DNA总量至少2g；

2)、进行基因组重测序；

将步骤1)所得的基因组等比例混合后，按照常规基因组二代测序技术进行基因组的重测序，DNA建库长度200-300bp，每个Reads长度150bp，至少得到12G的数据；

3)、利用转基因载体T-DNA序列作为模板，对得到的测序数据进行比对分析，得到插入位点的信息；

4)、根据插入位点的信息设计引物，进行PCR验证；从而确定每个转基因株系的插入位点。

2.根据权利要求1所述的利用重测序技术确定转基因株系插入位点的方法，其特征是：步骤1)中提取基因组DNA的方法为CTAB法。

3.根据权利要求1或2所述的利用重测序技术确定转基因株系插入位点的方法，其特征是：

所述步骤3)中序列比对分析所用软件为bowtie2，默认设置。

4.根据权利要求3所述的利用重测序技术确定转基因株系插入位点的方法，其特征是：

所述步骤3)为：以转基因载体序列为参考基因组进行同源性分析，根据分析的结果，提取一端匹配到载体序列，另一端未匹配的reads序列；未匹配的reads序列以水稻基因组序列，采用blast软件进行同源性比对分析，根据比对结果设计引物进行后续验证。

5.根据权利要求1或2所述的利用重测序技术确定转基因株系插入位点的方法，其特征是：

所述步骤4)中PCR验证方法为常规PCR方法。